胡枝子 发表于 2021-3-20 00:02 先随便调一个，能量优化一下 |
greatzdk 发表于 2017-6-18 13:40 请问要如何设置rotamers? |
| 没那么复杂，直接在pymol中将这个氨基酸突变成lys即可 |
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不知道这个程序是否满足需求 PDBFixer https://github.com/pandegroup/pdbfixer |
11.jpg (82.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 74)
| 参与人数Participants 2 | eV +6 | 收起 理由Reason |
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| + 5 | 好物！ |
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| + 1 |
| 先用手动添加了原子，还是出现了其他的原子丢失的情况，所以手动是麻烦了一些，采用PULCHRA补充原子问题解决了，后面再通过分子动力学优化结构。非常感谢两位大神。 |
| 如果只是缺一个CG，就像Sob说的，自己适当的位置补上就好。但是，LYS里的CG并不是一个特殊的原子（根本都不在残基末端），唯独缺失它的可能性不大，所以我怀疑缺失的不只是这一个。蛋白数据库里的很多pdb文件都是只有C alpha，这样即使你手动加上了这个，还会有其他问题出现。我建议先看下到底缺失了多少原子，几个，几段，还是除了CA都缺失。缺几个的话，随便怎么加都好，甚至可以直接编辑pdb文件。缺几个片段，Swiss PDB http://spdbv.vital-it.ch 和 MODELLER https://salilab.org/modeller/ ，MODELLER更准确。如果是除CA都缺，最简单的是用 PULCHRA，http://cssb.biology.gatech.edu/PULCHRA，但是得到的结构不准确。 |
| 参与人数Participants 3 | eV +6 | 收起 理由Reason |
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| + 2 | 我很赞同 |
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| + 2 | 我很赞同 |
| 自己在适当位置补上那个叫CG的原子就行了，gview都可以。位置不离谱即可，不用精确，反正还得能量极小化 |
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