蛋白数据库里下载的晶体结构缺失原子怎么处理

devil_lei · 发表于 Post on 2017-6-1 14:04:58

从蛋白数据库里下载的X射线测得的蛋白结构，中间缺失了原子，用GROMACS生成拓扑文件的时候就会报错，如：

有没有方法解决，是不是一定要手动的方法进行添加原子。
曾经尝试用同源建模的方法，但是建立的结构和原蛋白的结构很不一样。
请问大家可以用什么软件添加，对结构进行修正。

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-1 15:08:26

自己在适当位置补上那个叫CG的原子就行了，gview都可以。位置不离谱即可，不用精确，反正还得能量极小化

4A696E67 · 发表于 Post on 2017-6-1 22:04:29

如果只是缺一个CG，就像Sob说的，自己适当的位置补上就好。但是，LYS里的CG并不是一个特殊的原子（根本都不在残基末端），唯独缺失它的可能性不大，所以我怀疑缺失的不只是这一个。蛋白数据库里的很多pdb文件都是只有C alpha，这样即使你手动加上了这个，还会有其他问题出现。我建议先看下到底缺失了多少原子，几个，几段，还是除了CA都缺失。缺几个的话，随便怎么加都好，甚至可以直接编辑pdb文件。缺几个片段，Swiss PDB http://spdbv.vital-it.ch 和 MODELLER https://salilab.org/modeller/ ，MODELLER更准确。如果是除CA都缺，最简单的是用 PULCHRA，http://cssb.biology.gatech.edu/PULCHRA，但是得到的结构不准确。

devil_lei · 发表于 Post on 2017-6-18 08:15:15

先用手动添加了原子，还是出现了其他的原子丢失的情况，所以手动是麻烦了一些，采用PULCHRA补充原子问题解决了，后面再通过分子动力学优化结构。非常感谢两位大神。

ruanyang · 发表于 Post on 2017-6-18 09:51:53

不知道这个程序是否满足需求 PDBFixer
https://github.com/pandegroup/pdbfixer

greatzdk · 发表于 Post on 2017-6-18 13:40:13

没那么复杂，直接在pymol中将这个氨基酸突变成lys即可

胡枝子 · 发表于 Post on 2021-3-20 00:02:45

greatzdk 发表于 2017-6-18 13:40
没那么复杂，直接在pymol中将这个氨基酸突变成lys即可

请问要如何设置rotamers?

greatzdk · 发表于 Post on 2021-3-25 10:57:41

胡枝子发表于 2021-3-20 00:02
请问要如何设置rotamers?

先随便调一个，能量优化一下

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[GROMACS] 蛋白数据库里下载的晶体结构缺失原子怎么处理

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