你好，请问你的吸附能不合理的原因是什么，我也遇到了这个问题
谢谢

lastzealot 发表于 2015-10-2 08:22
谢谢老师
另外，请问老师有写过关于ONIOM的文章吗？
我在www.sobereva.com简单翻阅了一下您以前的大作 ...

没写过。
高斯官网上有个ONIOM白皮书可以看看

sobereva 发表于 2015-10-1 23:08
gview打开view-atom selection界面，然后用builder里的选框工具把下层的原子全都圈上，此时atom select ...

谢谢老师
另外，请问老师有写过关于ONIOM的文章吗？
我在www.sobereva.com简单翻阅了一下您以前的大作，好像没有这方面的。真想拜读一下。

lastzealot 发表于 2015-10-1 20:38
sob老师，请问有没有对不用原子使用不同基组的快捷方法？
比如，表层的Si O用6-31G*，下面的Si O全用3-2 ...

gview打开view-atom selection界面，然后用builder里的选框工具把下层的原子全都圈上，此时atom selection editor里面就会给出被选择的原子的编号，比如1,3-7,12-16,22-26。然后直接把这个编号表示用在自定义基组设定里就行了。

合理。

sobereva 发表于 2015-1-15 18:31
凡是使用ONIOM时遇见怪问题，最好的做法就是别用ONIOM。很多人把ONIOM过于理想化了，它会带来很多麻烦事， ...

sob老师，请问有没有对不用原子使用不同基组的快捷方法？
比如，表层的Si O用6-31G*，下面的Si O全用3-21G*，如果一个一个标注有点过于反锁。

另外，类似于这种表面吸附的情况，如果把基底的除表层外所有原子都固定，是否合理？
谢谢老师。

谢谢sob老师了

我不知道你看的是哪个例子。对于柔性体系，原子电荷是一定要设定的，否则构象会明显不准确。而对于分子筛，由于相对来说比较刚性，决定结构的主要是成键参数，因此不定义原子电荷影响不大，可能是因为这个原因例子里省了。
但原理上来说，还是定义原子电荷为好。这个就是QEq电荷，是UFF力场标配的计算原子电荷的方法。
QEq电荷是依赖于坐标的，基于分子力场计算时QEq电荷只根据初始结构算一次，之后虽然几何结构变化了也不重算了，即假定电荷随后不受结构的变化而有明显影响。

你对S-value理解得不对。对于两层ONIOM，S-value是特定级别下，整体和H层区域的能量差，即没有被归入H层部分的能量。这个值显然不会接近于0，否则整体和H层就没区别了。
有的资料里写高级别的S-value和低级别的S-value应该尽量相同，即ΔS-value接近0说明划分得好，这说法也不对。因为不同级别下能量的绝对值本身就没有可比性。

所以，对于单个体系，讨论S-value是没意义的。

所谓的S-value应当接近0，正确理解是对于使用ONIOM研究一个化学反应或者研究一系列分子的能量差的时候，在特定级别下（高级别或低级别皆可），两个分子之间，或者反应前后，S-value之差应当接近于0。这样才能说明在这类研究中ONIOM划分得合理。

对于你当前研究，做S-value测试没意义，只要把H层取得足够大，在吸附位点附近留有足够的空间就够了。

嗯嗯 因为我只是用这个小模型试验一下oniom计算方法如何，我最终是想把分子筛做到500-600原子，所以想图快才想用此方法，之前的计算问题纯属个人问题，我算错了呢。。。可是现在又涉及到Svalue测试问题，我看高斯说明书上都是说s值之差约等于0才判断为计算合理，可是我做的计算吸附符合文献和实验值，可是做的s测试确实一万多，难道可以凭着这个数值说计算不合理？谢谢老师了

凡是使用ONIOM时遇见怪问题，最好的做法就是别用ONIOM。很多人把ONIOM过于理想化了，它会带来很多麻烦事，绝对不是简单地一划分高低层，然后计算速度一下子就“免费”地变快了。

这种体系，最好用混合基组，直接涉及到吸附的关键部分用6-31+G*，Cu用Lanl2DZdp，其余部分用3-21G*计算。这种级别绝对能算得动。涉及到弱相互作用区域最好像这样带着弥散函数。而且最好加上DFT-D3校正。

另一种更快的做法就是在MOPAC2012下面用PM7来算。

总之ONIOM能不用就尽量避免使用，除非对ONIOM的特征、细节、优缺点掌握得很透彻。