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[Gaussian/gview] 高斯ONIOM方法计算分子筛NO吸附

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发表于 2015-1-14 19:42:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位了解oniom的同胞们 帮小妹看一下这个问题出在哪里了?我想算Cu-ZSM-5分子筛上面NO的吸附能,附件是我的分子筛模型坐标, z5-opt.gjf (17.18 KB, 下载次数: 30)

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发表于 2015-1-15 18:31:27 | 显示全部楼层
凡是使用ONIOM时遇见怪问题,最好的做法就是别用ONIOM。很多人把ONIOM过于理想化了,它会带来很多麻烦事,绝对不是简单地一划分高低层,然后计算速度一下子就“免费”地变快了。

这种体系,最好用混合基组,直接涉及到吸附的关键部分用6-31+G*,Cu用Lanl2DZdp,其余部分用3-21G*计算。这种级别绝对能算得动。涉及到弱相互作用区域最好像这样带着弥散函数。而且最好加上DFT-D3校正。

另一种更快的做法就是在MOPAC2012下面用PM7来算。

总之ONIOM能不用就尽量避免使用,除非对ONIOM的特征、细节、优缺点掌握得很透彻。
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 楼主| 发表于 2015-1-17 17:10:01 | 显示全部楼层
嗯嗯 因为我只是用这个小模型试验一下oniom计算方法如何,我最终是想把分子筛做到500-600原子,所以想图快才想用此方法,之前的计算问题纯属个人问题,我算错了呢。。。可是现在又涉及到Svalue测试问题,我看高斯说明书上都是说s值之差约等于0才判断为计算合理,可是我做的计算吸附符合文献和实验值,可是做的s测试确实一万多,难道可以凭着这个数值说计算不合理?谢谢老师了

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发表于 2015-1-18 04:25:07 | 显示全部楼层
你对S-value理解得不对。对于两层ONIOM,S-value是特定级别下,整体和H层区域的能量差,即没有被归入H层部分的能量。这个值显然不会接近于0,否则整体和H层就没区别了。
有的资料里写高级别的S-value和低级别的S-value应该尽量相同,即ΔS-value接近0说明划分得好,这说法也不对。因为不同级别下能量的绝对值本身就没有可比性。

所以,对于单个体系,讨论S-value是没意义的。

所谓的S-value应当接近0,正确理解是对于使用ONIOM研究一个化学反应或者研究一系列分子的能量差的时候,在特定级别下(高级别或低级别皆可),两个分子之间,或者反应前后,S-value之差应当接近于0。这样才能说明在这类研究中ONIOM划分得合理。

对于你当前研究,做S-value测试没意义,只要把H层取得足够大,在吸附位点附近留有足够的空间就够了。
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 楼主| 发表于 2015-1-19 23:38:55 | 显示全部楼层
嗯嗯 知道了 老师 今天看到高斯的例子关于分子筛的原子类型后面都没有附带电荷,别的不是分子筛的算例上面都有,所以就想问您第一个问题,这个电什么时候加?加这个电荷是通过QEq方法得出的,就想附件图片,这个QEq charges就是对应的原子电荷吗?第二个问题是。既然电荷只在第一步计算中计算出来,之后就不更新了,为什么还制定原子电荷呢?
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发表于 2015-1-20 00:30:40 | 显示全部楼层
我不知道你看的是哪个例子。对于柔性体系,原子电荷是一定要设定的,否则构象会明显不准确。而对于分子筛,由于相对来说比较刚性,决定结构的主要是成键参数,因此不定义原子电荷影响不大,可能是因为这个原因例子里省了。
但原理上来说,还是定义原子电荷为好。这个就是QEq电荷,是UFF力场标配的计算原子电荷的方法。
QEq电荷是依赖于坐标的,基于分子力场计算时QEq电荷只根据初始结构算一次,之后虽然几何结构变化了也不重算了,即假定电荷随后不受结构的变化而有明显影响。
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 楼主| 发表于 2015-1-22 00:49:35 | 显示全部楼层
谢谢sob老师了

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发表于 2015-10-1 20:38:57 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-1-15 18:31
凡是使用ONIOM时遇见怪问题,最好的做法就是别用ONIOM。很多人把ONIOM过于理想化了,它会带来很多麻烦事, ...

sob老师,请问有没有对不用原子使用不同基组的快捷方法?
比如,表层的Si O用6-31G*,下面的Si O全用3-21G*,如果一个一个标注有点过于反锁。

另外,类似于这种表面吸附的情况,如果把基底的除表层外所有原子都固定,是否合理?
谢谢老师。

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发表于 2015-10-1 23:08:59 | 显示全部楼层
lastzealot 发表于 2015-10-1 20:38
sob老师,请问有没有对不用原子使用不同基组的快捷方法?
比如,表层的Si O用6-31G*,下面的Si O全用3-2 ...


gview打开view-atom selection界面,然后用builder里的选框工具把下层的原子全都圈上,此时atom selection editor里面就会给出被选择的原子的编号,比如1,3-7,12-16,22-26。然后直接把这个编号表示用在自定义基组设定里就行了。

合理。

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发表于 2015-10-2 08:22:55 来自手机 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-10-1 23:08
gview打开view-atom selection界面,然后用builder里的选框工具把下层的原子全都圈上,此时atom select ...

谢谢老师
另外,请问老师有写过关于ONIOM的文章吗?
我在www.sobereva.com简单翻阅了一下您以前的大作,好像没有这方面的。真想拜读一下。

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发表于 2015-10-2 08:34:30 | 显示全部楼层
lastzealot 发表于 2015-10-2 08:22
谢谢老师
另外,请问老师有写过关于ONIOM的文章吗?
我在www.sobereva.com简单翻阅了一下您以前的大作 ...

没写过。
高斯官网上有个ONIOM白皮书可以看看
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发表于 2018-11-9 20:00:03 | 显示全部楼层
你好,请问你的吸附能不合理的原因是什么,我也遇到了这个问题
谢谢
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