fhh2626 发表于 2017-9-23 14:57 您好，我想请问一下，取多少帧计算是依据什么来的呢？帧数越多，计算结果误差越小吗？假设平衡之后，模拟10ns取1000帧和50ns取1000帧，对自由能的结果影响大吗？ |
本帖最后由 azero 于 2017-11-3 01:15 编辑 HarrisLin 发表于 2017-11-2 10:49 谢谢LZ  好像之前是这步没做好g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -pdie 2 -decomp提示离子错误的比较诡异，不过好像对结果无影响，还要进一步测试 |
llyyz 发表于 2017-11-1 23:47 謝謝 之前用過 不過運氣不好 他自動升成的一小部分還是重疊了 而且好像不太好手動調整 我最後是去用薛丁格的Maestro學術免費版 |
本帖最后由 HarrisLin 于 2017-11-2 10:52 编辑 azero 发表于 2017-11-1 22:28 我好像記錯了 因為是幾個月前裝的 應該是你說的最上面那三種選一種用才對 Installation Extract the package. Copy g_mmpbsa and energy2bfac from bin directory to /usr/local/bin or $HOME/bin. 如果你安裝完 輸入指令能跑 應該功能不會缺 會不會是你有缺腳本和參數檔 你可以看一下我的附件看你是不是有缺 (從官網的教學裡抓來的 基本上都是預設值 不過我的參數溫度調整成310k 如果你要用要記得修改) 另外可以參考這個中文網站 點我 不過你那報錯說明 感覺是格式裡的離子名稱不對(? md的軌跡(.xtc)要放no PBC的軌跡喔 .tpr倒是可以直接放md.tpr的 |
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只是提供一个选择，不一定好于Ligplus。 Poseview http://proteinsplus.zbh.uni-hamburg.de/#poseview |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
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HarrisLin 发表于 2017-11-1 02:03 不是C. Installation of g_mmpbsa，而是下面那个吧 tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gz cd bin sudo cp g_mmpbsa /usr/local/bin/. sudo cp energy2bfac /usr/local/bin/. 还是不行，运行例子的时候 g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp 生成的contrib_MM.dat 和 contrib_MM.dat里面都显示nan，此外还有以下提示 NOsh: Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs NOsh: Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs NOsh: Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs NOsh: Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs 不知道LZ有木有这种提示  |
azero 发表于 2017-10-31 09:19 用預編好的 http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/Download-and-Installation.html 下載Includes APBS functionality GMX 5.1.x 然後跑完步驟C. Installation of g_mmpbsa的安裝就好了 |
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请问LZ是使用APBS1.3还是1.4？还是说预编译好版本？ 捣鼓了两三天，contrib_MM.dat里面全部显示是 nan，感觉就是没装好 |
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10ns时间比较短，取1000帧就可以了，5000帧的话就非常充足了 复杂的分析建议在VMD里面用tcl脚本做 这个图的话任何一个画分子结构的软件+PS就可以画 |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
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| + 1 | 谢谢 |
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