g_mmpbsa使用與2D interaction作圖問題

HarrisLin

已解決 謝謝各位
不過3F有其他人對於g_mmpbsa的安裝使用問題需要幫助




各位老師和前輩好
目前小弟實驗上碰上一些困擾又來請教了

首先個人測試後 g_mmpbsa(5.x版)是支援GROMACS 2016.03.
完成安裝後都能正常運作 參考網站

1.
想請教使用g_mmpbsa計算binding energy
     默认计算能量时, 每帧都会计算, 这样可能会特别费时. 在这种情况下你可以使用trjconv抽取一步分轨迹进行计算, 以减少运算
   trjconv -f md.xtc -o trj_8-10ns -b 8000 -e 10000 -dt 100
就網路上的資料都會建議透過調整MD紀錄的幀數來減少運算上的耗時
據我看的paper往往只是簡單描述說取MD的最後一段來做 ex:MD 100ns取最後10ns來分析
困擾我的主要是是否主流方式都是取RMSD穩定後最後一段(約10ns)來做分析
那麼這段10ns的MD紀錄大概要取幾張快照出來做計算呢?

2.
因為分析會需要做protein-ligand 2D interaction的圖
主要需要有氫鍵 疏水區分析 能有鹽橋或π-π分析等更佳
實驗室DS2016操作太過死板 殘基的文字都重疊了還不可調...
試用過LigPlus 不過感覺比較陽春 氫鍵判定似乎定義也和DS不同

想要做出類似這樣的效果
請問有人知道這種是用哪個軟體做出來的
或是有推薦其他軟體

謝謝

fhh2626

10ns时间比较短，取1000帧就可以了，5000帧的话就非常充足了

复杂的分析建议在VMD里面用tcl脚本做

这个图的话任何一个画分子结构的软件+PS就可以画

azero

请问LZ是使用APBS1.3还是1.4？还是说预编译好版本？
捣鼓了两三天，contrib_MM.dat里面全部显示是 nan，感觉就是没装好

HarrisLin

azero 发表于 2017-10-31 09:19
请问LZ是使用APBS1.3还是1.4？还是说预编译好版本？
捣鼓了两三天，contrib_MM.dat里面全部显示是 nan，感 ...

用預編好的
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/Download-and-Installation.html
下載Includes APBS functionality GMX 5.1.x
然後跑完步驟C. Installation of g_mmpbsa的安裝就好了

azero

HarrisLin 发表于 2017-11-1 02:03
用預編好的
http://rashmikumari.github.io/g_mmpbsa/Download-and-Installation.html
下載Includes AP ...

不是C. Installation of g_mmpbsa，而是下面那个吧
tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gz
cd bin
sudo cp g_mmpbsa /usr/local/bin/.
sudo cp energy2bfac /usr/local/bin/.


还是不行，运行例子的时候
g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -i ../pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp
生成的contrib_MM.dat 和 contrib_MM.dat里面都显示nan，此外还有以下提示

NOsh:  Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs
NOsh:  Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs
NOsh:  Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs
NOsh:  Deprecated use of ION keyword! Use key-value pairs

不知道LZ有木有这种提示

llyyz

只是提供一个选择，不一定好于Ligplus。
Poseview
http://proteinsplus.zbh.uni-hamburg.de/#poseview

HarrisLin

azero 发表于 2017-11-1 22:28
不是C. Installation of g_mmpbsa，而是下面那个吧
tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gz
cd bin

我好像記錯了  因為是幾個月前裝的  
應該是你說的最上面那三種選一種用才對  
Installation
Extract the package. Copy g_mmpbsa and energy2bfac from bin directory to /usr/local/bin or $HOME/bin.

如果你安裝完 輸入指令能跑  應該功能不會缺
會不會是你有缺腳本和參數檔
你可以看一下我的附件看你是不是有缺
(從官網的教學裡抓來的  基本上都是預設值 不過我的參數溫度調整成310k 如果你要用要記得修改)

另外可以參考這個中文網站 點我

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不過你那報錯說明 感覺是格式裡的離子名稱不對(?
md的軌跡(.xtc)要放no PBC的軌跡喔 .tpr倒是可以直接放md.tpr的

HarrisLin

llyyz 发表于 2017-11-1 23:47
只是提供一个选择，不一定好于Ligplus。
Poseview
http://proteinsplus.zbh.uni-hamburg.de/#poseview

謝謝  之前用過  不過運氣不好  他自動升成的一小部分還是重疊了 而且好像不太好手動調整
我最後是去用薛丁格的Maestro學術免費版

azero

HarrisLin 发表于 2017-11-2 10:49
我好像記錯了  因為是幾個月前裝的  
應該是你說的最上面那三種選一種用才對  
Installation

谢谢LZ好像之前是这步没做好g_mmpbsa -f 1EBZ.xtc -s 1EBZ.tpr -n 1EBZ.ndx -pdie 2 -decomp

提示离子错误的比较诡异，不过好像对结果无影响，还要进一步测试

Eva_Winter

fhh2626 发表于 2017-9-23 14:57
10ns时间比较短，取1000帧就可以了，5000帧的话就非常充足了

复杂的分析建议在VMD里面用tcl脚本做

您好，我想请问一下，取多少帧计算是依据什么来的呢？帧数越多，计算结果误差越小吗？假设平衡之后，模拟10ns取1000帧和50ns取1000帧，对自由能的结果影响大吗？