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基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法

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发布时间: 2018-1-6 18:38

正文摘要:

基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法The way of plotting color-filled isosurface maps based on cube files generated by Multiwfn 文/Sobereva @北京科音 2018-Jan-6 0 前言 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-7-26 03:56:40
刘看山看山 发表于 2024-7-25 22:05
启动Multiwfn,输入以下内容
N+1.wfn
5   //计算格点数据

先确保对f-.cub和f+.cub绘制等值面图确实看到的不一样再说。如果不同,说明当前作图设置下填色等值面图的差异太小,肉眼难以分辨
刘看山看山 发表于 Post on 2024-7-25 22:05:19
本帖最后由 刘看山看山 于 2024-7-25 22:26 编辑

启动Multiwfn,输入以下内容
N+1.wfn
5   //计算格点数据
1   //电子密度
2   //中等质量格点(如果是大体系,建议选high quality grid以保证之后绘制的图像质量较好)
2   //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为N.cub
0   //回主菜单
5   //计算格点数据
0   //自定义运算
1   //将有1个文件对N.wfn进行运算
-,N.wfn   //将令N+1.wfn的函数值减去N.wfn的函数值
1   //电子密度
2   //中等质量格点(必须与产生N.cub时用的格点设定严格相同)
2   //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为f+.cub

N.cub拖到gview里
Results - Surfaces/Contours
Cube Actions - Load Cube,选f+.cub
此时Cubes Available里面会有两套格点数据。选中第一个,把Density框里的数值改为0.01
Surface Actions - New Mapped Surface - OK

请问老师们f+在gaussView中的填色等值面图是这样画的嘛,为什么我画出来和f-一样
嘟嘟嘟嘟 发表于 Post on 2021-5-29 10:43:02
sobereva 发表于 Post on 2021-5-29 00:19:15
嘟嘟嘟嘟 发表于 2021-5-28 13:28
好的,老师。就是实际操作的时候,在(4)中使用N.cub,而替换的只是(5)中f-,f0,f+,等函数对吗?实 ...

嘟嘟嘟嘟 发表于 Post on 2021-5-28 13:28:10
sobereva 发表于 2021-5-28 13:01
不对。
显示等值面应当用N.cub

好的,老师。就是实际操作的时候,在(4)中使用N.cub,而替换的只是(5)中f-,f0,f+,等函数对吗?实际上就是把电子密度差值投影到初始状态,观察其相应的变化?
sobereva 发表于 Post on 2021-5-28 13:01:49
嘟嘟嘟嘟 发表于 2021-5-28 10:20
老师,不好意思,基础知识不过关,对这里不清楚,表述的不大到位。我按照您f-的做法,说一遍f+相应的做法 ...

不对。
显示等值面应当用N.cub
嘟嘟嘟嘟 发表于 Post on 2021-5-28 10:20:06
sobereva 发表于 2021-5-27 22:38
看不懂你的意思
如果你要绘制f+和f0投影到范德华表面的图像,显然得用电子密度格点数据的cub来显示等值 ...

老师,不好意思,基础知识不过关,对这里不清楚,表述的不大到位。我按照您f-的做法,说一遍f+相应的做法,麻烦您看对不对哈:
(1)基于优化的中性的晕苯的结构,将电荷和自旋多重度改为-1 2,算个单点任务,将得到的chk转换并命名为N+1.fch。
(2)启动Multiwfn,输入以下内容
(3)N+1.fch
        5   //计算格点数据
        1   //电子密度
        2   //中等质量格点(如果是大体系,建议选high quality grid以保证之后绘制的图像质量较好)
        2   //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为N+1.cub
        0   //回主菜单
        5   //计算格点数据
         0   //自定义运算
        1   //将有1个文件对N+1.fch进行运算
        -,N.fch   //将令N+1.fch的函数值减去N.fch的函数值
        1   //电子密度
        2   //中等质量格点(必须与产生N+1.cub时用的格点设定严格相同)
        2   //将格点数据导出为当前目录下density.cub。然后手动把此文件改名为f+.cub

然后在Gaussview中绘制填色等值面
(4)把N+1.cub拖到gview里
        Results - Surfaces/Contours
(5) Cube Actions - Load Cube,选f+.cub
此时Cubes Available里面会有两套格点数据。选中第一个,把Density框里的数值改为0.01
Surface Actions - New Mapped Surface - OK
sobereva 发表于 Post on 2021-5-27 22:38:20
嘟嘟嘟嘟 发表于 2021-5-27 10:15
老师您好,博文中【而更为一般化,也往往显示效果更好的做法是先用Multiwfn计算用来定义等值面的函数的格点 ...

看不懂你的意思
如果你要绘制f+和f0投影到范德华表面的图像,显然得用电子密度格点数据的cub来显示等值面,这样才能得到rho=0.001等值面。之后把什么函数往上投影是另外一回事
嘟嘟嘟嘟 发表于 Post on 2021-5-27 10:15:14
老师您好,博文中【而更为一般化,也往往显示效果更好的做法是先用Multiwfn计算用来定义等值面的函数的格点数据,导出为cube文件;然后再计算出被投影的函数的格点数据,也导出cube文件】,我想问下,如果我想画f+和f0,定义等值面的函数的格点数据是N+1.cub和N+1.cub/2吗?
sobereva 发表于 Post on 2021-2-6 03:52:22
sophieding 发表于 2021-2-4 16:14
老师,需要的是等值面图

直接用下面文中的做法让Multiwfn产生福井函数的格点数据并导出为cube文件,放到gview里显示等值面图就完了,简单至极,完全不用管其它什么cub文件
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html
sophieding 发表于 Post on 2021-2-4 16:14:17
sobereva 发表于 2021-2-4 03:23
此帖所有图都是等值面图,不是等值线图,对于平面图才有等值线图,先说清楚到底要等值面图还是等值线图

老师,需要的是等值面图
sobereva 发表于 Post on 2021-2-4 03:23:56
sophieding 发表于 2021-2-3 19:18
感谢老师的回答。我的目的是为了画出本帖中图3的等值线图的效果,即采用Multiwfn+Gaussview绘制的等值线 ...

此帖所有图都是等值面图,不是等值线图,对于平面图才有等值线图,先说清楚到底要等值面图还是等值线图
sophieding 发表于 Post on 2021-2-3 19:18:17
sobereva 发表于 2021-2-1 20:45
看不懂你的描述
Multiwfn手册4.7.3算的是简缩福井函数,怎么可能用于GaussView的绘图

感谢老师的回答。我的目的是为了画出本帖中图3的等值线图的效果,即采用Multiwfn+Gaussview绘制的等值线效果图。刚开始已按照http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html产生了f0、f+、f-的cube等文件和密度差图,现想将图改为本帖的Multiwfn+Gaussview绘制的等值线图效果图。因此想请问,若采用本帖中N.cube与我先前按照http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html产生的f-.cube进行绘制等值线图与本帖步骤产生的效果图对比(格点数据均采用高质量),是否是一致的?
sobereva 发表于 Post on 2021-2-1 20:45:43
sophieding 发表于 2021-2-1 15:11
老师,您好!请问福井函数首先采用结合本帖产生的N,结合multiwfn计算得到(手册4.7.3方法)f-f+f0(即不采用 ...

看不懂你的描述
Multiwfn手册4.7.3算的是简缩福井函数,怎么可能用于GaussView的绘图

想画福井函数的等值线图直接就用Multiwfn的主功能4画相应的密度差图就完了,又省事效果又好
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

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