xtb程序结果诡异一例

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发布时间: 2018-1-19 19:44

Grimme的实现GFN-xTB方法的xtb程序现在很火，速度快，功能丰富，大有取代MOPAC之势。不过今天算的一个体系发现xtb的结果相当诡异，是GFN-xTB这个新方法本身的问题还是xtb程序有问题尚不好说，总之对xtb的结果得留个 ...

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IIIO_OIII 发表于 Post on 2020-2-20 02:41:00

sobereva 发表于 2020-2-19 12:59
输出文件里也会直接体现原子电荷，看看对应xtb输出文件里什么电荷
无非就是Mulliken和CM5电荷，也可以拿 ...

xtb输出的charge文件中的值，和用Multiwfn算出的Mulliken charge是一样的。多谢社长指导！

sobereva 发表于 Post on 2020-2-19 12:59:02

IIIO_OIII 发表于 2020-2-19 08:08
不一样。Multiwfn得到的H2O中氧的CM5电荷在-0.8左右。

输出文件里也会直接体现原子电荷，看看对应xtb输出文件里什么电荷
无非就是Mulliken和CM5电荷，也可以拿Multiwfn算的Mulliken电荷进行对比。

IIIO_OIII 发表于 Post on 2020-2-19 08:08:53

sobereva 发表于 2020-2-18 12:20
加上-molden选项，把得到的molden文件载入Multiwfn，用主功能7算一下CM5电荷，对一下便知

不一样。Multiwfn得到的H2O中氧的CM5电荷在-0.8左右。

sobereva 发表于 Post on 2020-2-18 12:20:36

IIIO_OIII 发表于 2020-2-18 05:54
用xtb 6.3.0重新计算了社长提供的xyz file。具体命令是：xtb solvated.xyz -opt 2 -gbsa h2o

这是结果： ...

加上-molden选项，把得到的molden文件载入Multiwfn，用主功能7算一下CM5电荷，对一下便知

IIIO_OIII 发表于 Post on 2020-2-18 05:54:08

本帖最后由 IIIO_OIII 于 2020-2-18 06:09 编辑

用xtb 6.3.0重新计算了社长提供的xyz file。具体命令是：xtb solvated.xyz -opt 2 -gbsa h2o

这是结果：

xtbopt.xyz (17.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
这个文件

charges (3.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) 里的charge应该是社长说的CM5电荷吧？H2O中氧的CM5电荷在-0.67左右。

sobereva 发表于 Post on 2018-1-20 10:38:11

agent99 发表于 2018-1-20 03:28
前段时间Grimme给xtb的用户群发了邮件，说正在搞下一个版本并且重新优化参数，想让大家把碰到的problematic ...

我之前也有此意，不过还是懒得写

agent99 发表于 Post on 2018-1-20 03:28:34

前段时间Grimme给xtb的用户群发了邮件，说正在搞下一个版本并且重新优化参数，想让大家把碰到的problematic case报告给他，sob可以把这个发给他

sobereva 发表于 Post on 2018-1-19 21:56:08

我本是个娃娃发表于 2018-1-19 20:42
1，显式溶剂模型和隐式溶剂模型混合使用是否妥当？是否单独使用会合理？如果将COSMO换成SMD能否有所改善？
...

1 这是杂化溶剂模型，很常用。xtb和MOPAC里都没有SMD。MOPAC用的是COSMO，和SMD的极性部分在实际效果上相似（虽然明显没那么严格），xtb的GBSA主要是用于分子模拟领域的。

2 是主要因素之一

我本是个娃娃 发表于 Post on 2018-1-19 20:42:09

1，显式溶剂模型和隐式溶剂模型混合使用是否妥当？是否单独使用会合理？如果将COSMO换成SMD能否有所改善？

2，半经验方法使用的基组是极小基，这是不是CM5电荷计算有误的原因之一？

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