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[xtb] xtb程序结果诡异一例

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发表于 2018-1-19 19:44:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
Grimme的实现GFN-xTB方法的xtb程序现在很火,速度快,功能丰富,大有取代MOPAC之势。不过今天算的一个体系发现xtb的结果相当诡异,是GFN-xTB这个新方法本身的问题还是xtb程序有问题尚不好说,总之对xtb的结果得留个心眼,不能盲目直接采用。

这是MOPAC2016在PM6-D3H4下优化的靛青在水微环境中的结构,基本合理(优化时冻结了靛青),计算时同时用了eps=78.3关键词通过COSMO表现更外部的隐式水溶剂
1.png

用类似初始结构,xtb用xtb solvated.xyz -opt -gbsa h2o命令优化完了成了这样(也冻结了靛青)。明显水层结构不对劲,这种分布情况如同靛青向外部加了非常强的电场一样,把水的朝向彻底极化,以至于应有的氢键结构都很大程度破坏了。
2.png

如果不冻结靛青,优化完了居然靛青弯了!
3.png

而且此时水的键角也很不合理,居然才90度左右!

不过,气相下xtb优化出来溶剂层倒是正常,不过还是破坏了靛青的平面性,如下所示,故不算非常合理(之前其它计算,给我感觉xtb对于共轭平面的描述不算很理想,有点太“柔”,容易弯曲)。 4.png

PM6-D3H4计算时如果不固定靛青,虽然优化出来也有一点弯曲,但属于正常范围。
5.png


xtb用的是目前最新版Wed Oct 25 22:32:27 CEST 2017更新的
初始结构文件一起附上以便重复 solvated_5A.xyz (13.38 KB, 下载次数: 5)
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发表于 2018-1-19 20:42:09 | 显示全部楼层
1,显式溶剂模型和隐式溶剂模型混合使用是否妥当?是否单独使用会合理?如果将COSMO换成SMD能否有所改善?

2,半经验方法使用的基组是极小基,这是不是CM5电荷计算有误的原因之一?
为雪国耻身先去,重整河山待后生。

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 楼主| 发表于 2018-1-19 21:56:08 | 显示全部楼层
我本是个娃娃 发表于 2018-1-19 20:42
1,显式溶剂模型和隐式溶剂模型混合使用是否妥当?是否单独使用会合理?如果将COSMO换成SMD能否有所改善?
...

1 这是杂化溶剂模型,很常用。xtb和MOPAC里都没有SMD。MOPAC用的是COSMO,和SMD的极性部分在实际效果上相似(虽然明显没那么严格),xtb的GBSA主要是用于分子模拟领域的。

2 是主要因素之一
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发表于 2018-1-20 03:28:34 | 显示全部楼层
前段时间Grimme给xtb的用户群发了邮件,说正在搞下一个版本并且重新优化参数,想让大家把碰到的problematic case报告给他,sob可以把这个发给他

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 楼主| 发表于 2018-1-20 10:38:11 | 显示全部楼层
agent99 发表于 2018-1-20 03:28
前段时间Grimme给xtb的用户群发了邮件,说正在搞下一个版本并且重新优化参数,想让大家把碰到的problematic ...

我之前也有此意,不过还是懒得写
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