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g_mmpbsa能量分解过程中的异常值

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510426762

发布时间: 2018-3-17 04:16

正文摘要:

本帖最后由 510426762 于 2018-3-17 06:47 编辑模拟了蛋白质和受体在0.15M NaCl水溶液环境中的结合作用，时间长度100ns。rmsd结果稳定了。 g_mmpbsa分解能量，用的一步法分解，参数如下。这个算作异常 ...

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芮啦 发表于 Post on 2021-6-4 10:27:32

510426762 发表于 2018-3-17 05:10
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

我现在刚开始学习使用g_mmpbsa来计算结合能，有一点问题希望向您请教一下，请问您的mdp参数文件是采用官网上的参数还是依照自己的体系设定的呢，我的体系中不止有一种阳离子，所以在设定mdp文件中的pcharge、prad等参数时不知道怎么处理，希望向您请教一下，还请您指点一二

lonemen 发表于 Post on 2018-9-14 18:28:23

学习了，并收藏之。

510426762 发表于 Post on 2018-5-30 11:56:19

510426762 发表于 2018-3-17 05:10
好像可能解决了。
看到这篇帖子提示了。http://bbs.keinsci.com/thread-6822-1-1.html
g_mmpbsa里也说明 ...

是的，之后仔细阅读，发现漏掉了这句。
用这种方式做了noPBC
echo "0" | gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_whole.xtc -pbc whole -n index.ndx
echo "1 0" | gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1_whole.xtc -o md_0_1_mol_center.xtc -center -pbc mol -n index.ndx

HarrisLin 发表于 Post on 2018-3-26 14:55:13

本帖最后由 HarrisLin 于 2018-3-26 14:58 编辑

是PBC的問題沒錯要用noPBC分析

510426762 发表于 Post on 2018-3-17 05:10:05

好像可能解决了。
看到这篇帖子提示了。http://bbs.keinsci.com/thread-6822-1-1.html
g_mmpbsa里也说明了
WARNING: Trajectory should be PBC corrected and molecule should not be PBC broken. To make molecule whole in trajectory, please follow these links: PBC and trjconv.

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