关于gromacs的并行问题

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发布时间: 2018-4-16 18:43

请教大家一个“关于gromacs的并行问题” 我一直想搞明白gromacs是怎么分解域的，怎么选择并行的核会模拟体系更好，效率更高。比 ...

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sobereva 发表于 Post on 2020-7-22 17:35:12

vimalakirti_lee 发表于 2020-7-22 16:35
-nt控制的不是线程数吗，老师，怎么是物理核心呢？

我强调的是线程数不要超过物理核心。看
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

vimalakirti_lee 发表于 Post on 2020-7-22 16:35:17

sobereva 发表于 2018-4-17 02:45
有多少物理核心用-nt设多少就行了，细节的事gmx会自己操办

“节点越多，计算效率越低，计算时间越短”这 ...

-nt控制的不是线程数吗，老师，怎么是物理核心呢？

虔诚的人 发表于 Post on 2018-4-17 10:42:42

sobereva 发表于 2018-4-17 02:45
有多少物理核心用-nt设多少就行了，细节的事gmx会自己操办

“节点越多，计算效率越低，计算时间越短”这 ...

谢谢sob老师。我发了两个同样帖子不要意思，原本想删掉一个的，没找到删除的选项。对于并行，我就不去深究了，其实对我来说，意义也不是很大。

sobereva 发表于 Post on 2018-4-17 02:45:30

有多少物理核心用-nt设多少就行了，细节的事gmx会自己操办

“节点越多，计算效率越低，计算时间越短”这一般是符合的。这里“计算效率”应当叫做“并行效率”

虔诚的人 发表于 Post on 2018-4-16 19:20:14

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