关于gromacs的并行问题

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-16 18:43:38

   请教大家一个“关于gromacs的并行问题”
   我一直想搞明白gromacs是怎么分解域的，怎么选择并行的核会模拟体系更好，效率更高。
   比如一个节点有20个核，我要计算一个10*10*10nm-3的蛋白质----水体系（估计有10万个原子），要我怎么取选择并行啊？
   （一个核计算一个小的域的话，我选择2个节点、40个核，要把体系分成40个“域”，那么体系可以被分割成“2、4、5，2*4*5=40”？我的理解

）
说实话，我看过关于并行的博客和文章，是我自己太笨了，对计算机不了解，所以一直都搞不明白，请大神赐教。下面有一篇讲gromacs并行的文章。
gromacs: high performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers
下载地址：http://sci-hub.tw/http://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-16 19:17:45

我是个计算机菜鸡，一直搞不明白gromacs的并行方式，即使看过了相关文章。
请教一下各位大神，如果我研究“蛋白质-水”体系，盒子是10*10*10nm-3的立方体，一个节点20个核，我要选用几个节点计算效率最高（不是计算时间）。
有朋友说节点越多，计算效率越低，计算时间越短，是这样吗？
请各位指点迷津！
谢谢大家！

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-16 19:20:14

http://sci-hub.tw/http://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2015.06.001图片源自这篇文章

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-17 02:45:30

有多少物理核心用-nt设多少就行了，细节的事gmx会自己操办

“节点越多，计算效率越低，计算时间越短”这一般是符合的。这里“计算效率”应当叫做“并行效率”

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-4-17 10:42:42

sobereva 发表于 2018-4-17 02:45
有多少物理核心用-nt设多少就行了，细节的事gmx会自己操办

“节点越多，计算效率越低，计算时间越短”这 ...

谢谢sob老师。我发了两个同样帖子不要意思，原本想删掉一个的，没找到删除的选项。对于并行，我就不去深究了，其实对我来说，意义也不是很大。

vimalakirti_lee · 发表于 Post on 2020-7-22 16:35:17

sobereva 发表于 2018-4-17 02:45
有多少物理核心用-nt设多少就行了，细节的事gmx会自己操办

“节点越多，计算效率越低，计算时间越短”这 ...

-nt控制的不是线程数吗，老师，怎么是物理核心呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-22 17:35:12

vimalakirti_lee 发表于 2020-7-22 16:35
-nt控制的不是线程数吗，老师，怎么是物理核心呢？

我强调的是线程数不要超过物理核心。看
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

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