xiaobai123 发表于 2023-7-7 17:14 看这些了解xtb相关常识 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html） 盘点Grimme迄今对理论化学的贡献 http://sobereva.com/388（http://bbs.keinsci.com/thread-6662-1-1.html） 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532） 计算化学中的一些常见不良写法和用词 http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html） |
本帖最后由 乐平 于 2023-7-7 17:38 编辑 xiaobai123 发表于 2023-7-7 17:14 xTB 是 Stephen Grimme 教授开发的程序，GFN-xTB 是其中的一种计算类型。 https://github.com/grimme-lab/xtb 如果你用 Anaconda3 python，可以直接 conda install -c conda-forge xtb 安装，然后用 xtb aaaa.xyz --opt tight --cycles 200 --gfn 2 命令运行计算，这里的 aaaa.xyz 是结构文件。 |
sobereva 发表于 2018-4-23 10:57 请问grimme的xtb通过GFN-XTB这是什么意思呢，以及如何具体执行 |
三迩- 发表于 2018-4-24 17:30 假设xtb使用上没犯错误，如果你在ORCA里用DFT优化都没这样，可能算GFN-xTB方法的问题 |
三迩- 发表于 2018-4-24 10:51 xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件，后缀改成xyz，用VMD看 |
sobereva 发表于 2018-4-24 09:15 目前只产生了.log和restart文件，请问log文件可以用什么程序打开？我试了chemcraft不可以，或者说这个程序怎么把log的轨迹转成.xyz格式呢？谢谢老师 |
三迩- 发表于 2018-4-24 09:08 不是看曲线，是看结构变化 |
三迩- 发表于 2018-4-23 22:03 光从这信息没法说，注意看优化过程的轨迹 比如 export OMP_NUM_THREADS=4 export MKL_NUM_THREADS=4 就代表4核并行 |
sobereva 发表于 2018-4-23 10:57 sob老师，我用xtb优化二百多轮后出现这个如下提示 “speedup 4.00 cpu time for SCC 2 m 57.9 s wall time for SCC 0 m 44.5 s speedup 4.00 cpu time for grad 1.27 s wall time for grad 0.32 s |grad| > 500, something is totally wrong!” 请问有没有什么可参考的方法解决这个问题呢？ 另外想请教一下，添加并行的信息，直接加在.xtbrc文件里嘛？ |
本帖最后由 三迩- 于 2018-4-23 13:03 编辑 sobereva 发表于 2018-4-23 10:57 |
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用Grimme的xtb通过GFN-xTB理论优化。 如果之后还想要更好的结构，可以考虑用ORCA在B97-3c下优化（如果做不动，用HF-3c也可以）。 |
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