sobereva 发表于 2018-5-8 04:01
如果真空区域直接就是和盒子边界相接的，NPT会自发去除真空区
如果真空区是在盒子内部，光靠NPT往往没 ...

Sob老师好，那如果真空区在盒子内部应该如何去除呢，是通过退火嘛，谢谢老师！

hgkjqx 发表于 2018-6-28 11:07
老师您好，我用MS做的晶面对水分子的吸附动力学模拟，晶面上放置水分子层后，为防止周期性导致层间相互作 ...

既然已经单独发帖了，就别在其它帖子里问同一个问题了

sobereva 发表于 2018-5-9 09:13
如果是指分子填满5*5*5盒子，然后再增大到5*5*10，导致出现5nm真空区，一开始NPT的时候真空区就应当自动消 ...

老师您好，我用MS做的晶面对水分子的吸附动力学模拟，晶面上放置水分子层后，为防止周期性导致层间相互作用，加了一百埃的真空层，跑NVT动力学，发现一部分水分子聚集在晶面上，另一部分跑到了真空层上方，中间空着了，按您的说法是先不加真空层跑NPT,再加真空层跑NVT就可以避免跑散吗？可不加真空层的话水分子不也会收到上层晶面的影响了吗？

shanxitaiyuan 发表于 2018-5-9 09:21
是这样的，NPT结束后盒子是没有真空区的，您的意思是在第一步5*5*5的盒子跑npt,跑的稳定了再增大盒子，然后 ...

对

是这样的，NPT结束后盒子是没有真空区的，您的意思是在第一步5*5*5的盒子跑npt,跑的稳定了再增大盒子，然后在nvt吗

如果是指分子填满5*5*5盒子，然后再增大到5*5*10，导致出现5nm真空区，一开始NPT的时候真空区就应当自动消失
如果目的是模拟液-气界面，应该先对填满分子的盒子做NPT，等盒子尺寸稳定了，再增大盒子做NVT。

模拟过程1.首先建立一个5*5*5的盒子，增大盒子5*5*10
2.能量最小化100000步
3.NPT步长0.002ps，跑2000000步，计算长程力采用PME方法，采用Berendsen压力耦合。温度采用V-rescale控温
4.增大盒子x,y方向不变，z方向适当增大，能量最小化同第二步
5.NVT模拟，步长0.002ps，15000000步，计算长程采用PME方法，也采用Berendsen压力耦合

shanxitaiyuan 发表于 2018-5-8 11:09
这种情况要怎么解决呢

两侧的一坨实际上是连着的？改大盒子后怎么跑两边去了？不清楚你的流程

shanxitaiyuan 发表于 2018-5-7 18:02
我也是先跑的npt，还是有这种情况，是因为npt时间短吗

如果真空区域直接就是和盒子边界相接的，NPT会自发去除真空区
如果真空区是在盒子内部，光靠NPT往往没用
有图一看就清楚

我也是先跑的npt，还是有这种情况，是因为npt时间短吗

可以先跑npt再跑nvt，这样就ok了

原子数不变（固体液体体积基本不变），增大盒子体积，肯定会有空的啊