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[GROMACS] 请问:模拟界面时,增大盒子跑nvt时,盒子中间是空的,是什么问题,该怎么解决

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请问:模拟界面时,增大盒子跑nvt时,盒子中间是空的,是什么问题,该怎么解决

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发表于 Post on 2018-5-7 09:17:02 | 只看该作者 Only view this author
原子数不变(固体液体体积基本不变),增大盒子体积,肯定会有空的啊

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发表于 Post on 2018-5-7 17:09:04 | 只看该作者 Only view this author
可以先跑npt再跑nvt,这样就ok了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-7 18:02:44 | 只看该作者 Only view this author
我也是先跑的npt,还是有这种情况,是因为npt时间短吗

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发表于 Post on 2018-5-8 04:01:35 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2018-5-7 18:02
我也是先跑的npt,还是有这种情况,是因为npt时间短吗


如果真空区域直接就是和盒子边界相接的,NPT会自发去除真空区
如果真空区是在盒子内部,光靠NPT往往没用
有图一看就清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-8 11:09:16 | 只看该作者 Only view this author
这种情况要怎么解决呢

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发表于 Post on 2018-5-9 00:49:00 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2018-5-8 11:09
这种情况要怎么解决呢

两侧的一坨实际上是连着的?改大盒子后怎么跑两边去了?不清楚你的流程
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 09:01:49 | 只看该作者 Only view this author
模拟过程1.首先建立一个5*5*5的盒子,增大盒子5*5*10
2.能量最小化100000步
3.NPT步长0.002ps,跑2000000步,计算长程力采用PME方法,采用Berendsen压力耦合。温度采用V-rescale控温
4.增大盒子x,y方向不变,z方向适当增大,能量最小化同第二步
5.NVT模拟,步长0.002ps,15000000步,计算长程采用PME方法,也采用Berendsen压力耦合

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发表于 Post on 2018-5-9 09:13:22 | 只看该作者 Only view this author
如果是指分子填满5*5*5盒子,然后再增大到5*5*10,导致出现5nm真空区,一开始NPT的时候真空区就应当自动消失
如果目的是模拟液-气界面,应该先对填满分子的盒子做NPT,等盒子尺寸稳定了,再增大盒子做NVT。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-9 09:21:35 | 只看该作者 Only view this author
是这样的,NPT结束后盒子是没有真空区的,您的意思是在第一步5*5*5的盒子跑npt,跑的稳定了再增大盒子,然后在nvt吗

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发表于 Post on 2018-5-9 09:45:21 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2018-5-9 09:21
是这样的,NPT结束后盒子是没有真空区的,您的意思是在第一步5*5*5的盒子跑npt,跑的稳定了再增大盒子,然后 ...

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发表于 Post on 2018-6-28 11:07:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-9 09:13
如果是指分子填满5*5*5盒子,然后再增大到5*5*10,导致出现5nm真空区,一开始NPT的时候真空区就应当自动消 ...

老师您好,我用MS做的晶面对水分子的吸附动力学模拟,晶面上放置水分子层后,为防止周期性导致层间相互作用,加了一百埃的真空层,跑NVT动力学,发现一部分水分子聚集在晶面上,另一部分跑到了真空层上方,中间空着了,按您的说法是先不加真空层跑NPT,再加真空层跑NVT就可以避免跑散吗?可不加真空层的话水分子不也会收到上层晶面的影响了吗?

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发表于 Post on 2018-6-28 15:10:51 | 只看该作者 Only view this author
hgkjqx 发表于 2018-6-28 11:07
老师您好,我用MS做的晶面对水分子的吸附动力学模拟,晶面上放置水分子层后,为防止周期性导致层间相互作 ...

既然已经单独发帖了,就别在其它帖子里问同一个问题了
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发表于 Post on 2022-4-23 17:08:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-8 04:01
如果真空区域直接就是和盒子边界相接的,NPT会自发去除真空区
如果真空区是在盒子内部,光靠NPT往往没 ...

Sob老师好,那如果真空区在盒子内部应该如何去除呢,是通过退火嘛,谢谢老师!

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