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ICSS计算坐标问题

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YID2017

发布时间: 2018-5-15 03:12

正文摘要:

按照sobereva大博士的博文http://sobereva.com/216 对一个双稠环分子进行ICSS计算，使用最新发布的3.5版本。计算结果和预想的差不多，五元环和六元环有明显的芳香性差别，但是屏蔽区域和分子的位置明显偏移，请问 ...

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YID2017 发表于 Post on 2018-5-18 13:21:13

哈哈，大博士料事如神啊，我的gview就是卡死了

sobereva 发表于 Post on 2018-5-16 18:02:44

YID2017 发表于 2018-5-16 12:13
谢谢sobereva大博士！按照您说的第一个方法，加nosymm已解决问题！
在尝试您第二个方法的时候，gview无法 ...

应该可以打开。有可能是因为Bq原子太多，gview打开时卡住了

YID2017 发表于 Post on 2018-5-16 12:13:56

谢谢sobereva大博士！按照您说的第一个方法，加nosymm已解决问题！
在尝试您第二个方法的时候，gview无法打开运算ICSS后的out文件，是不是我对输出文件的理解有误？非常感谢您的帮助！

sobereva 发表于 Post on 2018-5-15 07:04:38

应该是Gaussian自动把结构调整到标准朝向，导致ICSS等值面和你载入的结构朝向不符（始终用nosymm可以避免，见《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》http://sobereva.com/297）
鉴于你已经算完了，就用gview随便载入一个ICSS的输出文件，再保存成比如.pdb文件，此时pdb文件里的结构和ICSS格点数据应当是对应的。可以把ICSS导出成cube文件，和这个pdb一起放到VMD里显示

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