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[Multiwfn使用咨询] ICSS计算 坐标问题

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按照sobereva大博士的博文http://sobereva.com/216 对一个双稠环分子进行ICSS计算,使用最新发布的3.5版本。
计算结果和预想的差不多,五元环和六元环有明显的芳香性差别,但是屏蔽区域和分子的位置明显偏移,请问是不是中间的坐标设置操作错了?谢谢!



ICSS.jpg (40.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

ICSS双稠环

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发表于 Post on 2018-5-15 07:04:38 | 只看该作者 Only view this author
应该是Gaussian自动把结构调整到标准朝向,导致ICSS等值面和你载入的结构朝向不符(始终用nosymm可以避免,见《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》http://sobereva.com/297
鉴于你已经算完了,就用gview随便载入一个ICSS的输出文件,再保存成比如.pdb文件,此时pdb文件里的结构和ICSS格点数据应当是对应的。可以把ICSS导出成cube文件,和这个pdb一起放到VMD里显示
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-16 12:13:56 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva大博士!按照您说的第一个方法,加nosymm已解决问题!
在尝试您第二个方法的时候,gview无法打开运算ICSS后的out文件,是不是我对输出文件的理解有误?非常感谢您的帮助!

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发表于 Post on 2018-5-16 18:02:44 | 只看该作者 Only view this author
YID2017 发表于 2018-5-16 12:13
谢谢sobereva大博士!按照您说的第一个方法,加nosymm已解决问题!
在尝试您第二个方法的时候,gview无法 ...

应该可以打开。有可能是因为Bq原子太多,gview打开时卡住了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-18 13:21:13 | 只看该作者 Only view this author
哈哈,大博士料事如神啊,我的gview就是卡死了

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