win版xtb的UI界面-更新chemdoodle绘板

wal · 发表于 Post on 2024-12-10 18:36:53

本帖最后由 wal 于 2024-12-26 11:45 编辑

-12.19更新-
- 收到反馈，有些电脑用我原来那个set.bat设置不了环境变量，但是我这边测试的时候没问题XD
这里重新写了一个，如果还有问题可以继续反馈，也可以在设置里搜索系统变量，然后手动把压缩包里OpenBabel-2.4.1和xtb-6.7.1\bin文件夹的绝对路径加进用户变量的path变量里，然后用exe启动
- 加了chemdoodle绘板，可以在程序里画出来然后直接导进xtb计算，点击绘制分子按钮使用。注意chemdoodle绘板第一笔是添加一个碳，第二笔需要以那个碳为基础继续画。对于分子结构比较拥挤的分子不推荐直接用这个导出直接算，因为力场有一定概率给你整活，还是建议在可视化界面检查一下结构是不是合理
- 加了导出选项，导出时自动把xtbopt.xyz用obabel转换为其他格式，比如转成sdf可以用chem3d打开，给小白设计的功能

源码v0.2：

runxtb.zip (2.76 MB, 下载次数 Times of downloads: 51)
打包版v0.2(exe可执行文件)：https://pub-ec46b9a843f44891acf04d27fddf97e0.r2.dev/2024/12/xTB-GUI-v0.2.zip
源码主要是openbabel的js库占的体积，其实完全可以优化掉，只用本地的openbabel，我这边是挪了给另一个程序写的chemdoodle.html懒得再改再debug()大伙可以自由发挥

set.bat (479 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 20)
看了一眼3L提到的xtbGUI，发现他们有写的自带的JMOL可视化，这个挺好的，下个版本安排一下

以下为原帖
最近开始用xtb做预优化了，但是嫌xtb命令太长，手动敲太麻烦，Windows的bat脚本也是一言难尽，于是干脆整了个ui，顺便让仍然在用chem3d，跑mm2优化结构的实验组同学也能玩玩xtb

需要命令行调用xtb和openbabel，打包版里我附带了这俩程序和设环境变量的脚本，源码版会用的应该不用我帮忙设置。win版xtb用的是这个帖子的6.7版本。
PS:其实必须过openbabel这个逻辑可以删，只要你能保证你给的xyz，sdf和mol文件xtb可以支持。实际发现xtb只认chem3d导出的mol3000和sdf3000，xyz完全不认，所以就干脆不管三七二十一全都过一下obabel保证能跑。这里小改一下应该可以直接用smiles运行的，但有时力场会优化出非常抽象的玩意（我上次一个羧基给我搞成C-O-O-H），最好还是可视化检查一下
哦对了，环境变量我只写了path的，想用gfn0和设置并行核数之类的还是要按这个帖子里讲的来设置
傻瓜UI。输入文件可以拖进来也可以点选；能做sp，opt，hess，ohess，md；溶剂用的是albp；欢迎魔改，改完最好先发我让我爽一下

md可以在界面上编辑参数，预设的值全是xtb默认值。（但是做完想了一下，谁家用windows跑md啊

自己电脑测了一下，4*17原子，gfn2-xtb跑50ps伪AIMD用了20分钟，各位量力而行）

运行完成后可以选择保存输出，也可以就在框里看

下载：
源码：

runxtb.py (20.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)
打包版(exe可执行文件)https://pub-ec46b9a843f44891acf0 ... 2024/12/xTB-GUI.zip

晚上想了一下，移植到Linux可能不难，扔给GPT或者Claude应该就能改好，但我这边linux机子全都没图形界面，所以也没法测试，各位大能可以各显神通

lindlar · 发表于 Post on 2024-12-10 20:19:38

牛呀！！！收藏啦

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-12-18 09:38:09

小声说一句，刚发现社长在http://bbs.keinsci.com/thread-38617-1-1.html说到的平台也提供有xtb的Windows和Linux版GUI，在https://atomistica.online/atomistica-academic/#desktop_apps可以下载，不过还没试用过。

顺便问问，python源码是用什么工具打包成exe可执行文件的？

wal · 发表于 Post on 2024-12-18 10:34:55

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-18 09:38
小声说一句，刚发现社长在http://bbs.keinsci.com/thread-38617-1-1.html说到的平台也提供有xtb的Windows和 ...

pyinstaller
自己写的优势在可以随便魔改

我最近准备把chemdoodle画板嵌进去，摆脱chemdraw

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-12-18 10:56:18

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-12-18 10:59 编辑

wal 发表于 2024-12-18 10:34
pyinstaller
自己写的优势在可以随便魔改我最近准备把chemdoodle画板嵌进去，摆脱chemdraw

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 50 才可浏览，您当前积分为 0

wal · 发表于 Post on 2024-12-18 11:06:42

本帖最后由 wal 于 2024-12-18 11:19 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-18 10:56
**** 本内容被作者隐藏 ****

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 50 才可浏览，您当前积分为 0

exity · 发表于 Post on 2024-12-19 08:01:27

MD功能加一个球形约束势更完美。

wal · 发表于 Post on 2024-12-19 10:07:34

exity 发表于 2024-12-19 08:01
MD功能加一个球形约束势更完美。

可以手动加的，按照xtb语法要求写就行，只是脚本带的的模板里没写
那个md输入框在计算的时候会保存成md.inp提供给xtb，跟自己写一个应该是没区别的

anson · 发表于 Post on 2024-12-19 12:38:50

笑死

wal · 发表于 Post on 2024-12-19 18:17:43

anson 发表于 2024-12-19 12:38
笑死

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2024-12-19 20:08:55

请问我按照要求编辑了环境变量，但是一双击exe就提示这个，怎么解决啊？

wal · 发表于 Post on 2024-12-19 20:30:22

本帖最后由 wal 于 2024-12-19 20:32 编辑

嘤嘤嘤发表于 2024-12-19 20:08
请问我按照要求编辑了环境变量，但是一双击exe就提示这个，怎么解决啊？

那个_internal文件夹是脚本的依赖，要放在xTB_GUI.exe同一目录下才能正常运行

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2024-12-20 17:04:49

wal 发表于 2024-12-19 20:30
那个_internal文件夹是脚本的依赖，要放在xTB_GUI.exe同一目录下才能正常运行

请问_internal文件夹在哪啊？我在下载的xtb包里没有发现

wal · 发表于 Post on 2024-12-20 17:18:36

嘤嘤嘤发表于 2024-12-20 17:04
请问_internal文件夹在哪啊？我在下载的xtb包里没有发现

你下载的xtb-gui.zip解压后没有_internal文件夹吗?不是xtb6.7.1，是主目录。包里带的xtb6.7.1是原版xtb。
如果还是没找到，晚上回去我检查一下是不是传错压缩包了。我觉得不应该，因为楼上都运行起来了

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2024-12-20 18:58:11

wal 发表于 2024-12-20 17:18
你下载的xtb-gui.zip解压后没有_internal文件夹吗?不是xtb6.7.1，是主目录。包里带的xtb6.7.1是原版xtb。 ...

好了，谢谢，运行成功了

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