计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16765|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:rerun轨迹后分析相互作用,该怎样设定参数

[复制链接 Copy URL]

368

帖子

0

威望

3084

eV
积分
3452

Level 5 (御坂)

本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-7 17:46 编辑

老师好,用GROMACS计算一个周期性体系时用的设定是:
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.0
DispCorr      = EnerPres


之后rerun轨迹,分析相互作用。请问rerun的时候用下面的设定是否可以?如果这种设定不够合理,或者过不了审稿人那关,那么应该怎样设定参数?
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 3.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.0
DispCorr      = EnerPres

谢谢。





live each day as if it was your last

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-5-8 09:20:12 | 只看该作者 Only view this author
能跑的话就没问题(gmx不同版本在非键设定规则上差异较大),但rvdw建议再设大点,毕竟1nm的时候还没有充分衰减为0

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
yihanxu + 2 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

368

帖子

0

威望

3084

eV
积分
3452

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-8 09:44:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-7 19:49 编辑
sobereva 发表于 2019-5-7 19:20
能跑的话就没问题(gmx不同版本在非键设定规则上差异较大),但rvdw建议再设大点,毕竟1nm的时候还没有充分 ...

谢谢老师。我用的gmx2018.4版本。
1. rvdw是rerun的时候设大点、最初md的时候不变吗?还是md初次跑轨迹的时候和rerun轨迹的时候都设大点?
2. 设为1.4nm足够吗?如果设为1.4nm,还用开启DispCorr吗?
3. 我用的GAFF力场,没记错的话sob老师讲过原文用的1.0nm。和原文一样不是比较好吗?
谢谢老师!



live each day as if it was your last

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-5-9 08:58:47 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-5-8 09:44
谢谢老师。我用的gmx2018.4版本。
1. rvdw是rerun的时候设大点、最初md的时候不变吗?还是md初次跑轨迹 ...

1 仅rerun设大
2 够。那个开不开和能量分解没有直接关系,无所谓
3 虽然与原文一样也有一定道理。然而原文截断到1nm主要是为了计算效率考虑,而且用相同的截断虽然可以令MD过程与力场搭配在原理上最合适,但不代表做能量分解时候1nm也是最佳选择

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
yihanxu + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

368

帖子

0

威望

3084

eV
积分
3452

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-9 09:57:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-8 18:58
1 仅rerun设大
2 够。那个开不开和能量分解没有直接关系,无所谓
3 虽然与原文一样也有一定道理。然而 ...

老师好,谢谢您的指导,您看我总结的对吗?

MD过程用:
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.0
DispCorr      = EnerPres


之后rerun轨迹用于分析相互作用时用:
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 3.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.4
DispCorr      = EnerPres 或 no 都可以

live each day as if it was your last

368

帖子

0

威望

3084

eV
积分
3452

Level 5 (御坂)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-10 06:11:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yihanxu 于 2019-5-9 16:15 编辑

老师好@sobereva ,我试了一下5层的设定,但是得到

ERROR 1 [file rerun.mdp]:
  With Verlet lists rcoulomb!=rvdw is not supported (except for rcoulomb>rvdw with PME electrostatics)

怎么办好?是不是只要改rvdw=3.0就行了?
live each day as if it was your last

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2019-5-10 10:23:34 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-5-10 06:11
老师好@sobereva ,我试了一下5层的设定,但是得到

ERROR 1 [file rerun.mdp]:


或者groups代替verlet再试

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
yihanxu + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

368

帖子

0

威望

3084

eV
积分
3452

Level 5 (御坂)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-10 12:32:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-9 20:23

或者groups代替verlet再试

用group代替verlet会得到Fatal error:
rcoulomb must not be greater than rlist (twin-range schemes are not supported)

详细设定为:
pbc = xyz
cutoff-scheme = group
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 3.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.4
DispCorr      = EnerPres
用的gmx2018.4v
live each day as if it was your last

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2019-5-10 16:32:03 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-5-10 12:32
用group代替verlet会得到Fatal error:
rcoulomb must not be greater than rlist (twin-range schemes a ...

设一样就完了

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +2 收起 理由
Reason
yihanxu + 2 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

368

帖子

0

威望

3084

eV
积分
3452

Level 5 (御坂)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-16 13:32:36 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问分析相互作用的时候,rcoulomb 取什么范围的值合适呢?
live each day as if it was your last

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2019-7-16 17:39:29 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2019-7-16 13:32
老师好,请问分析相互作用的时候,rcoulomb 取什么范围的值合适呢?

原则上只要不超过盒子最短边长一般就可以。原理上设大了有益,计算得更精确

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
yihanxu + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1227

eV
积分
1463

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

12#
发表于 Post on 2023-8-15 20:42:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-16 17:39
原则上只要不超过盒子最短边长一般就可以。原理上设大了有益,计算得更精确

老师,我有几个关于gmx energy计算分子间相互作用能的疑问:1.如果我的体系中,A分子有5个,B分子有5个。在创建索引组时,是将5个A和5个B的所有原子分别设置为[A]和[B]组,最终计算[A]和[B]间的短程范德华作用和短程静电相互作用;还是将A和B的10个分子,每个分子作为一个组,即[A_1],[A_2]...[A_5],[B_1],[B_2].....[B_5]共10个,然后将A中的每个分子对B中的每个分子的作用相加,即;A1_B1+A1_B2+A1_B3+A1_B4+....+A5_B5;这两种组的方式在计算分子间相互作用能时,是不是效果都一样的。无非前者没法计算分子内的2.这种方式计算出来的非键相互作用能、范德华作用、静电作用是不是相当于“气相”下分子间的相互作用啊,这个计算的时候应该没有考虑溶剂的影响吧。3.如果是没有考虑溶剂的影响,有没有方法计算溶剂作用下的分子间相互作用能呢.4。分子间的相互作用能应该等于组之间LJ(SR)+Coul(SR),不知道是否要加上分子内的1,4相互作用呢 即分子内的+LJ_14+Coul_14,我自己觉得不需要,毕竟是分子内的非键作用,而不是分子间的,但不知道这么认为对不对。
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2023-8-16 09:53:14 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-8-15 20:42
老师,我有几个关于gmx energy计算分子间相互作用能的疑问:1.如果我的体系中,A分子有5个,B分子有5个。 ...

1 对

2 不直接体现。溶剂仅影响轨迹

3 在显式溶剂模型下没办法

4 不加
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1227

eV
积分
1463

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

14#
发表于 Post on 2023-8-16 10:17:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-16 09:53
1 对

2 不直接体现。溶剂仅影响轨迹

好嘞,谢谢老师
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 06:33 , Processed in 0.169493 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list