有关partitioning free energy的计算问题

amagi · 发表于 Post on 2019-4-15 15:17:25

如上图是The MARTINI Force Field: Coarse Grained Model for Biomolecular Simulations中free energy的数据

而上面是The MARTINI Coarse-Grained Force Field: Extension to Proteins ，中提供的partitioning free energy公式。
我想问的是：①文章中将公式的分数部分定义为equilibrium densities of CG particles in both phases，是否可以将density理解为物质的量溶度，因为物化书上的类似公式全是以物质的量溶度为单位；
②为什么不用理想气体常数R而用玻尔兹曼常数k？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-15 23:57:07

说微观分子时候用k，说每mol的时候用R
rho就是相应的相里单位体积的数密度

amagi · 发表于 Post on 2019-4-18 10:08:07

sobereva 发表于 2019-4-15 23:57
说微观分子时候用k，说每mol的时候用R
rho就是相应的相里单位体积的数密度

老师好，我看到表中的数据都是用kJ/mol为单位的，但提供的公式却是kT，也就是必须再乘上一个阿伏伽德罗常数是吗？
这个表中有许多数据都挺大的，按照kJ/mol来反推的话括号里的密度比量级实在太大了，远远超过文中写的每相3200个溶剂分子和1%的溶质能模拟出的分配极限，不知道作者是怎么计算的。

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-18 17:35:03

amagi 发表于 2019-4-18 10:08
老师好，我看到表中的数据都是用kJ/mol为单位的，但提供的公式却是kT，也就是必须再乘上一个阿伏伽德罗常 ...

k还是R，往往文章里根本就不加区别地用，读者自己心里明白就行了

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[GROMACS] 有关partitioning free energy的计算问题