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[GROMACS] 有关partitioning free energy的计算问题

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
partitioning energy.png
如上图是The MARTINI Force Field: Coarse Grained Model for Biomolecular Simulations中free energy的数据
ppp.png
而上面是The MARTINI Coarse-Grained Force Field: Extension to Proteins ,中提供的partitioning free energy公式。
我想问的是:①文章中将公式的分数部分定义为equilibrium densities of CG particles in both phases,是否可以将density理解为物质的量溶度,因为物化书上的类似公式全是以物质的量溶度为单位;
                   ②为什么不用理想气体常数R而用玻尔兹曼常数k?

The MARTINI Force Field Coarse Grained Model for Biomolecular Simulations.pdf

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
说微观分子时候用k,说每mol的时候用R
rho就是相应的相里单位体积的数密度
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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-15 23:57
说微观分子时候用k,说每mol的时候用R
rho就是相应的相里单位体积的数密度

老师好,我看到表中的数据都是用kJ/mol为单位的,但提供的公式却是kT,也就是必须再乘上一个阿伏伽德罗常数是吗?
这个表中有许多数据都挺大的,按照kJ/mol来反推的话括号里的密度比量级实在太大了,远远超过文中写的每相3200个溶剂分子和1%的溶质能模拟出的分配极限,不知道作者是怎么计算的。

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
amagi 发表于 2019-4-18 10:08
老师好,我看到表中的数据都是用kJ/mol为单位的,但提供的公式却是kT,也就是必须再乘上一个阿伏伽德罗常 ...

k还是R,往往文章里根本就不加区别地用,读者自己心里明白就行了
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