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[Amber] [分享]使用Gaussian+antechamber生成resp电荷mol2文件的脚本

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本帖最后由 hzamber 于 2019-4-17 00:17 编辑

功能:使用Gaussian+antechamber以Gaussview生成的gjf文件为输入文件生成resp电荷mol2文件。
语法:./script.bcf gs.gjf chg spn &
gs.gjf为Gaussview生成的gjf文件。
chg为分子净电荷。
spn为分子自旋多重度。


script.bcf

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发表于 Post on 2019-4-17 20:58:01 | 只看该作者 Only view this author
也发个基于Gaussian+Multiwfn的脚本,不需要编译极臃肿的Ambertools,而且默认的计算级别比Antechamber默认的合理得多得多,结果因此也好得多得多

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-18 17:38:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-17 20:58
也发个基于Gaussian+Multiwfn的脚本,不需要编译极臃肿的Ambertools,而且默认的计算级别比Antechamber默认 ...

社长这个通用性更好!

我发现使用Gaussian+antechamber对中性分子生成的所有原子的resp电荷和也有不等零的情况。
这里数字误差问题??

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发表于 Post on 2019-4-19 03:29:30 | 只看该作者 Only view this author
hzamber 发表于 2019-4-18 17:38
社长这个通用性更好!

我发现使用Gaussian+antechamber对中性分子生成的所有原子的resp电荷和也有不等 ...

算是程序bug了
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