求助：关于在Gaussian中使用m062x泛函6-311+g(2df,p) 基组计算遇到的的问题

qian04551

各位老师好，最近在算一个结构的能量使用的Gaussian中m062x泛函6-311+g(2df,p) 基组，一开始算了五天看输出文件没有任何变化，再后来输出文件开始变化，差不多要一天走一步，按目前的情况看应该得需要挺长时间，想问用现在这种方法计算都是这样的吗？需要历时很长时间？有什么其他的办法吗？结构和计算方法来源于J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 13923−13929。初次使用m062x泛函和高基组进行计算，希望得到各位老师帮助，谢谢！输入文件在附件中。下面是输出文件最后的一部分输出内容

Leave Link 1110 at Mon Jun 24 03:42:15 2019, MaxMem= 1342177280 cpu:  429222.9
(Enter /home-gg/Soft/Gaussian/g09/l1002.exe)
Minotr:  Closed shell wavefunction.
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=1111111111111111111111111
          Direct CPHF calculation.
          Differentiating once with respect to electric field.
                with respect to dipole field.
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
          Requested convergence is 1.0D-08 RMS, and 1.0D-07 maximum.
          Secondary convergence is 1.0D-12 RMS, and 1.0D-12 maximum.
          NewPWx=T KeepS1=F KeepF1=F KeepIn=T MapXYZ=F SortEE=F KeepMc=T.
          MDV=    1342176526 using IRadAn=       2.
Generate precomputed XC quadrature information.
          Solving linear equations simultaneously, MaxMat=      72.
FoFCou: FMM=T IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=       0 IOpCl=  0
         NMat0=   39 NMatS0=   39 NMatT0=    0 NMatD0=   39 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           0 NGrid=           0.
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC:   9
          There are   228 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
    228 vectors produced by pass  0 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 1.32D+03 1.61D+01.
AX will form    39 AO Fock derivatives at one time.
    228 vectors produced by pass  1 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 1.17D+02 2.23D+00.
    227 vectors produced by pass  2 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 3.11D+00 1.58D-01.
    227 vectors produced by pass  3 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 4.31D-02 1.98D-02.
    226 vectors produced by pass  4 Test12= 3.06D-13 1.00D-09 XBig12= 4.46D-04 2.00D-03.

Novice

你怎么没有设置多核并行计算（%nprocshared=X）？还是你用的电脑设置了默认多核并行？体系不小，感觉如果你不多核并行差不多就是这个速度，M062X本身就会慢很多，毕竟加了弥散而且基组也比较大。可能在算个3-5步这个过程就结束了吧。都算这么多天了了还是等等吧。

让你变成回忆

算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量的时候才采用高精度计算。
这篇博文比较有用：
http://sobereva.com/387

qian04551

让你变成回忆 发表于 2019-7-1 15:17
算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量 ...

我有用小的基组先算了，上面提到的文章里面是先用小的基组算了，然后用大的基组，下面方法算的Thermal and solvation corrections were included in conjunction with gas phase single point energies calculated with the  6-311+G(2df,p) basis set47 to yield the Gibbs free energies of the species.

qian04551

让你变成回忆 发表于 2019-7-1 15:17
算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量 ...

谢谢您的回复

qian04551

Novice 发表于 2019-7-1 15:15
你怎么没有设置多核并行计算（%nprocshared=X）？还是你用的电脑设置了默认多核并行？体系不小，感觉如果你 ...

，谢谢您的回复，我们是在超算平台上算的在脚本文件设置了核数，不是用自己服务器算的

qian04551

让你变成回忆 发表于 2019-7-1 15:17
算能量用freq干啥？
比较合理的方法是opt和算能量采用不同的级别，前者可以用稍微低一点的精度，而算能量 ...

优化使用小基组Optimized geometries and frequencies (yielding zero-point energies and thermal corrections) were obtained in the gas phase using the 6-31G(d,p) basis set for carbon and hydrogen atoms and the 6-31+G(d,p) basis set for nitrogen and oxygen atoms.

h840473807

优化和频率计算必须使用同一等级，不然没有意义

sobereva

qian04551 发表于 2019-7-1 16:28
我有用小的基组先算了，上面提到的文章里面是先用小的基组算了，然后用大的基组，下面方法算的Thermal an ...

人家说的是算能量用6-311+G(2df,p)，你做振动分析用这么大基组干嘛，能不慢么，本来体系就不小，振动分析就是相当耗时的任务，再加上本身M06-2X耗时就高

你这种体系优化+振动分析用B3LYP-D3(BJ)/6-311G*完全够了

qian04551

sobereva 发表于 2019-7-1 19:45
人家说的是算能量用6-311+G(2df,p)，你做振动分析用这么大基组干嘛，能不慢么，本来体系就不小，振动分析 ...

嗯嗯  非常感谢sobereva老师，我一开始是单独用高基组单独算了单点能，然后看文章写着Thermal and solvation corrections，觉得做振动分析能得到校正能，就又算上频率了。

ABetaCarw

qian04551 发表于 2019-7-1 16:30
，谢谢您的回复，我们是在超算平台上算的在脚本文件设置了核数，不是用自己服务器算的

超算提交任务脚本里面设置了 不代表你在高斯输入文件里就不用写了。一个是申请多少平米的住房，一个是实际允许任务可以占用多少平米的住房。如果你在输入文件里面不写 那大概率是申请了N核 实际用了1核

qian04551

ABetaCarw 发表于 2019-7-2 02:43
超算提交任务脚本里面设置了 不代表你在高斯输入文件里就不用写了。一个是申请多少平米的住房，一个是实 ...

嗯嗯，谢谢您的回复