计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12006|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 关于小分子通过孔道的自由能计算的几点问题

[复制链接 Copy URL]

294

帖子

0

威望

3541

eV
积分
3835

Level 5 (御坂)

提示: 该帖被管理员或版主屏蔽

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2015-6-30 13:41:56 | 只看该作者 Only view this author
justin那个教程没仔细看过,你可以直接给他发邮件。一般乐意做网页写教程的人都比较愿意回复邮件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

294

帖子

0

威望

3541

eV
积分
3835

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-30 14:40:54 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师对于这种类型的自由能计算有什么经验吗?? 您上传到群共享中的教程我看了! 他貌似是将CNT 作为了reerence group,然后将Z轴上沿着一定距离的水分子替代为Na,然后对得到的构型进行模拟,采样!  (我很不理解“沿着一定距离的水分子替代为Na”这个是什么意思,为什么不将一个Na离子沿着反应坐标即Z轴进行拉伸,然后每个0.05nm取一个构型作为窗口呢??,不知道这样理解可正确)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2015-6-30 15:24:22 | 只看该作者 Only view this author
我不太清楚justin是教程是怎么做的,暂时没时间看,我也不很清楚为什么你要设拉伸速度。
得到PMF有两种常用的方法,一个是做拉伸动力学(SMD),从PMF坐标的一头拉到另一头,利用Jarzynski equality方程得到PMF曲线,例如这篇Biomaterials 30 (2009) 2807–2815。这需要拉伸比较慢,并且拉伸许多次取平均;另一种就是WHAM,我发的那个教程是很典型的实现,设一批挨着的不同window,即在不同window中放置Na并让Na受到window中央的伞状势,做MD来采样,然后再把所有window采样结果通过WHAM方法转化成一条完整的PMF。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
tjuptz + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1170

帖子

7

威望

6856

eV
积分
8166

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2015-6-30 15:34:21 | 只看该作者 Only view this author
电荷呈不呈中性肯定会对PMF有影响的吧,况且如果不是电中性的话,PME计算长程静电力结果就完全不对了

我似乎没见过像这样取反应坐标的,用CNT质心和钠离子的距离的Z轴投影作为反应坐标似乎要合理得多

1170

帖子

7

威望

6856

eV
积分
8166

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2015-6-30 15:53:46 | 只看该作者 Only view this author
还有一个问题,distance是没有方向性的,你的反应坐标似乎保证钠离子通过channel

294

帖子

0

威望

3541

eV
积分
3835

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-30 16:12:06 | 只看该作者 Only view this author
谢谢您的回复,我在琢磨一下! 我想请问您对于这种PMF的计算了解吗??

125

帖子

1

威望

1047

eV
积分
1192

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2015-7-1 13:49:53 | 只看该作者 Only view this author
你好,我对这个很感兴趣。请问能不能把Justin的帖子给我看看呢?我刚刚没有搜到,是在这个群里的么?

294

帖子

0

威望

3541

eV
积分
3835

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-1 15:55:53 | 只看该作者 Only view this author
google is your friend (or baidu)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2015-7-1 16:23:03 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-7-1 13:49
你好,我对这个很感兴趣。请问能不能把Justin的帖子给我看看呢?我刚刚没有搜到,是在这个群里的么?

http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... utorials/index.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

1

威望

1047

eV
积分
1192

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2015-7-1 23:04:55 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2015-7-1 15:55
google is your friend (or baidu)

  自学外行,不太清楚

516

帖子

1

威望

4765

eV
积分
5301

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2019-7-6 16:00:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-6-30 15:24
我不太清楚justin是教程是怎么做的,暂时没时间看,我也不很清楚为什么你要设拉伸速度。
得到PMF有两种常 ...

请问老师,PMF的计算及分析是不是高级班的内容呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125126

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2019-7-6 17:22:47 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-7-6 16:00
请问老师,PMF的计算及分析是不是高级班的内容呢?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-18 11:55 , Processed in 0.178367 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list