（更新5.0版）Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor

ggdh

elvisng 发表于 2021-11-24 13:53
尝试了一下用 IRC 生成 gjf 的功能, 但不太成功。请问一下可能是什么问题? 输入和输出如下:

$ tsm -e "r ...

IRC.log 可能有问题导致无法正确识别其中内容。
方便的话 加QQ:32589927 把IRC.log 传给我诊断一下bug？

ymc1582

请问：优化过渡态过程中，可不可以从中途提取一个结构并保存为gjf文件继续进行续算？（晚上电脑会关机，担心完不成计算任务）

wzkchem5

ymc1582 发表于 2022-1-11 07:49
请问：优化过渡态过程中，可不可以从中途提取一个结构并保存为gjf文件继续进行续算？（晚上电脑会关机，担 ...

可以

neocc

楼主能加入终端绘图功能嚒
我通过gnuplot搞定了无GUI绘图，超算上应该有需求，不知道matplotlib有没有这种能力，要是能搞出smile结构用于TS和scan就更666了


将以下脚本命名为OPT-E-monitor-noGUI.sh
运行时候必须要带上俩参数
如 ./OPT-g16-E-monitor.sh OPT-gaussian.out 10  
表示每10s输出一次优化次数-能量曲线

1. #!/bin/bash
   
2. 
   
3. # $1 = out file
   
4. # $2 = delay in seconds
   
5. 
   
6. grep 'SCF Done' $1 | awk '{print $5}' |cat -n > $1-data.txt
   
7. 
   
8. while :
   
9. do
   
10. grep 'SCF Done' $1 | awk '{print $5}' |cat -n |tail -1 >> $1-data.txt
    
11. 
    
12. gnuplot -p <<EOF
    
13. reset session
    
14. set term dumb 120,30
    
15. set tics nomirror scale 0.5
    
16. set grid
    
17. set xlabel "steps"
    
18. set ylabel "Energy Variation (a.u.)"
    
19. unset key
    
20. plot '$1-data.txt' u 1:2  w l t "Step-E_{a.u.}"
    
21. EOF
    
22. 
    
23. sleep $2
    
24. 
    
25. done
    
26. 
    
27. # chmod +x
    

复制代码

效果大概是这样的

    -2109.4 +-------------------------------------------------------------------------------------------------------+
                |                :                 :                :                :                 :                |
                |                :                 :                :                :                 :                |
    -2109.6 |+...............:.................:................:................:.................:................|
                |                :                 :                :                :                 :                |
                |*               :                 :                :                :                 :                |
    -2109.8 |*...............:.................:................:................:.................:................|
                | *              :                 :                :                :                 :                |
                | **             :                 :                :                :                 :                |
      -2110  |+.*.............:.................:................:................:.................:................|
                |   **           :                 :                :                :                 :                |
                |    **          :                 :                :                :                 :                |
                |     **         :                 :                :                :                 :                |
    -2110.2 |+.....**........:.................:................:................:.................:................|
                |       **       :                 :                :                :                 :                |
                |        ***     :                 :                :                :                 :                |
    -2110.4 |+.........**....:.................:................:................:.................:................|
                |            *** :                 :                :                :                 :                |
                |              ****                :                :                :                 :                |
    -2110.6 |+...............:******...........:................:................:.................:................|
                |                :     *********   :                :                :                 :                |
                |                :             ****************     :                :                 :                |
    -2110.8 |+...............:.................:...........**************************************************.......|
                |                :                 :                :                :                 :        ****    |
                |                :                 :                :                :                 :                |
      -2111   +-------------------------------------------------------------------------------------------------------+
            0                50               100              150              200               250              300

月时计

代码小白，只是好奇一个问题。如下：柔性扫描→提取最高点生成TS输入文件→过渡态结构优化→优化成功→IRC验证，这个流程通过脚本实现过渡态搜索自动化是否有可能？

ggdh

月时计 发表于 2024-7-24 18:03
代码小白，只是好奇一个问题。如下：柔性扫描→提取最高点生成TS输入文件→过渡态结构优化→优化成功→IRC ...

可以的，更好的方案是 ：
提取最高点附近的3-4个结构
同时开展过渡态优化，并且用tsmonitor 监控。

mfdsrax2

我在想，能不能做一个简单的，就只需要输出每一步的受力和位移，判断是否满足收敛标准就行了，很多时候不需要关注那么多复杂的东西

wal

mfdsrax2 发表于 2025-4-19 23:14
我在想，能不能做一个简单的，就只需要输出每一步的受力和位移，判断是否满足收敛标准就行了，很多时候不需 ...

你这个直接grep就能实现