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[综合交流] 求助关于三种旋转异构态定义

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本帖最后由 少年爱吃地三鲜 于 2019-8-30 16:54 编辑

最近想求二面角的概率分布问题,想想自己一个人又不是化学专业实在是头疼,只能求助各位老师同学,我目前有几个问题,一是,对于三种旋转异构态的理解,我的理解是主链上的两个C原子和一个C上的-R基团与另一个C上的H原子形成的角度。请问图中i+1,i-1是什么意思?如何理解? 二是,我想用跑好平衡的NVT的最后一帧.gro 放到MS 中求二面角的概率分布,这样是否可行?我求的结果是这样的图,正常应该是下图,我怀疑是MS中定义 0 和+-180 有什么问题,我想请教一下大家,能不能详细说说我该怎么做

TIM图片20190830163359.png (145.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

三种旋转异构态

三种旋转异构态

TIM图片20190830163709.png (50.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

MS中求得二面角

MS中求得二面角

TIM图片20190830163743.png (42.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

想要得到的二面角图

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发表于 Post on 2019-8-30 21:21:34 | 只看该作者 Only view this author
标准的二面角定义就是-180到+180。为了考察方便也可以自行拼凑成等价的0~360

我不明白为什么要用M$。直接用VMD把二面角随时间变化提取出来,用origin之类做个频率统计就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 21:46:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-30 21:21
标准的二面角定义就是-180到+180。为了考察方便也可以自行拼凑成等价的0~360

我不明白为什么要用M$。直 ...

非常感谢老师您的回复! 是这样的,老师,因为我不知道该怎么具体使用VMD提取二面角随时间的变化,您有没有什么例子能参考一下呢? 或者 老师,我拿最后平衡好的最后一帧 放MS统计是合理的吗? 感谢您!
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发表于 Post on 2019-8-31 00:45:15 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-8-30 21:46
非常感谢老师您的回复! 是这样的,老师,因为我不知道该怎么具体使用VMD提取二面角随时间的变化,您有没 ...

mouse - label - dihedrals,然后点击四个原子,再选graphics - labels,选dihedrals,找到标记好的那一项,下面就有选项可以导出
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 08:03:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-31 00:45
mouse - label - dihedrals,然后点击四个原子,再选graphics - labels,选dihedrals,找到标记好的那一 ...

非常感谢您!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 09:14:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-31 00:45
mouse - label - dihedrals,然后点击四个原子,再选graphics - labels,选dihedrals,找到标记好的那一 ...

请问老师,我想求整个主链上得二面角概率分布应该怎么做呢? 对整条主链看他的二面角分布情况?
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发表于 Post on 2019-8-31 20:05:05 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-8-31 09:14
请问老师,我想求整个主链上得二面角概率分布应该怎么做呢? 对整条主链看他的二面角分布情况?

你有一堆二面角要统计?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 20:15:20 | 只看该作者 Only view this author
是的老师,很多二面角,只看主链上的C-C-C-C 二面角分布,每条链20个单体,10条链。
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发表于 Post on 2019-8-31 22:12:57 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-8-31 20:15
是的老师,很多二面角,只看主链上的C-C-C-C 二面角分布,每条链20个单体,10条链。

自行写VMD脚本搞
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发表于 Post on 2019-9-2 03:48:45 | 只看该作者 Only view this author
我再补充一下关于计算键角分布
比如要考察12-11-10-9和11-10-9-6键角一起的角度分布概率(统计范围-180~180度),就创建个索引文件比如dih.ndx,内容为
[dih]
12 11 10 9 11 10 9 6
然后运行
gmx angle -f md.xtc -type dihedral -n dih.ndx
选择dih组,得到的angdist.xvg里就是角度分布了,可以直接用xmgrace绘制

用此做法可以只考察一个二面角,也可以一次性统计N个二面角的总概率分布

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-2 07:57:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-2 03:48
我再补充一下关于计算键角分布
比如要考察12-11-10-9和11-10-9-6键角一起的角度分布概率(统计范围-180~18 ...

非常感谢您的回复!谢谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-5 08:22:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-2 03:48
我再补充一下关于计算键角分布
比如要考察12-11-10-9和11-10-9-6键角一起的角度分布概率(统计范围-180~18 ...

非常感谢您 老师!我已经做出来了,我想请教您,这个gmx angle 命令 得到的图 计算原理是什么呢?是时间平均?还是频率统计呢?谢谢您
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发表于 Post on 2019-9-5 12:20:56 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-9-5 08:22
非常感谢您 老师!我已经做出来了,我想请教您,这个gmx angle 命令 得到的图 计算原理是什么呢?是时间 ...

就是把每个时间的二面角位置叠加到一起做个频数统计,和我前面说的自己手动用VMD搞出来再用Origin统计是一码事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-5 14:05:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-5 12:20
就是把每个时间的二面角位置叠加到一起做个频数统计,和我前面说的自己手动用VMD搞出来再用Origin统计是 ...

原来这样!非常感谢!!!
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