请问为什么gromacs进行nvt平衡后生成的轨迹出现球形缺口？

@Bruce · 发表于 Post on 2019-9-1 12:27:37

上图是去pbc的，下图未处理pbc，大概在第60帧左右，水分子开始消失，半球型缺口逐渐形成。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-9-1 15:02:43

因为你初始的盒子体积设大了或者初始水的密度小了

一般来说都是先跑NPT，在压强稳定后再跑NVT。或者直接跑NPT（除了用增强采样方法以外，我觉得没有什么要跑NVT水盒子的理由）

@Bruce · 发表于 Post on 2019-9-1 15:50:04

fhh2626 发表于 2019-9-1 15:02
因为你初始的盒子体积设大了或者初始水的密度小了

一般来说都是先跑NPT，在压强稳定后再跑NVT。或者直接 ...

谢谢

15810593730 · 发表于 Post on 2020-6-25 15:04:55

我模拟的环境存在气态水环境，预平衡时间也就ps量级，温度也不太高，体系中不会产生这样的气泡。倒是在生产相产生过这样的情况，我当时的原因是由于PBC而导致盒子上层跟盒子下层水分子接着了，后来把盒子延z轴增大，气体层就不再是球状的了

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[GROMACS] 请问为什么gromacs进行nvt平衡后生成的轨迹出现球形缺口？