计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13771|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:如何通过rdf计算密度分布

[复制链接 Copy URL]

28

帖子

0

威望

289

eV
积分
317

Level 3 能力者

如何通过径向分布函数计算原子周围某一分子的密度分布?比如图中第10号碳原子周围H2O和CO2的密度分布,这是怎么算出来的呢?

图片1.png (129.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

图片1.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-9-11 23:35:26 | 只看该作者 Only view this author
r处rdf的定义就是这个薄层内被统计的粒子的密度相对于它在整个盒子里的密度的比值,因此用rdf乘以平均密度就得到了r处的密度。某粒子的平均密度根据已知的它的粒子数和盒子体积直接就能手算出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

28

帖子

0

威望

289

eV
积分
317

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-20 16:15:02 | 只看该作者 Only view this author
老师 按您的意思 我用径向分布分数 乘 水或二氧化碳在整个盒子的平均密度(摩尔数*分子个数/NA) 就得到了密度分布 ,那这种情况rdf和密度分布就应该只差一个系数啊 但是事实好像并不是如此 是我哪里理解错了吗 初学者实在是搞不太明白 谢谢老师回复

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-9-21 01:01:04 | 只看该作者 Only view this author
呆宝可乐 发表于 2019-9-20 16:15
老师 按您的意思 我用径向分布分数 乘 水或二氧化碳在整个盒子的平均密度(摩尔数*分子个数/NA) 就得到了密 ...

“整个盒子的平均密度(摩尔数*分子个数/NA)”这个不对。应当是被统计的粒子总数除以盒子体积

就是相当于相差一个系数。你找个介绍rdf的资料看看定义就懂了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 05:23 , Processed in 0.214751 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list