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[GROMACS] 求助:如何通过rdf计算密度分布

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发表于 2019-9-11 16:17:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
如何通过径向分布函数计算原子周围某一分子的密度分布?比如图中第10号碳原子周围H2O和CO2的密度分布,这是怎么算出来的呢?
图片1.png

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发表于 2019-9-11 23:35:26 | 显示全部楼层
r处rdf的定义就是这个薄层内被统计的粒子的密度相对于它在整个盒子里的密度的比值,因此用rdf乘以平均密度就得到了r处的密度。某粒子的平均密度根据已知的它的粒子数和盒子体积直接就能手算出来
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 楼主| 发表于 昨天 16:15 | 显示全部楼层
老师 按您的意思 我用径向分布分数 乘 水或二氧化碳在整个盒子的平均密度(摩尔数*分子个数/NA) 就得到了密度分布 ,那这种情况rdf和密度分布就应该只差一个系数啊 但是事实好像并不是如此 是我哪里理解错了吗 初学者实在是搞不太明白 谢谢老师回复

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发表于 8 小时前 | 显示全部楼层
呆宝可乐 发表于 2019-9-20 16:15
老师 按您的意思 我用径向分布分数 乘 水或二氧化碳在整个盒子的平均密度(摩尔数*分子个数/NA) 就得到了密 ...

“整个盒子的平均密度(摩尔数*分子个数/NA)”这个不对。应当是被统计的粒子总数除以盒子体积

就是相当于相差一个系数。你找个介绍rdf的资料看看定义就懂了
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