请问初学MD有什么材料推荐吗

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2019-9-19 20:33:44

本帖最后由不是兔纸不是猫于 2019-9-20 03:29 编辑

请问老师，初学MD，简单说是想模拟多肽是如何组装成特殊形貌的，比如长长的纤维，组里都是做合成的，没有人之前做过模拟，老板让自学，还很急于求成，想问问刚开始有什么相关的资料，书籍，视频推荐吗？新手小白真是一脸懵，就学了学gromacs的手册，然后就不知道该学点什么了，我知道大家一定会说科音的课程，但是要等到1月份，时间太远了，等不了这么久，多谢多谢！

小范范1989 · 发表于 Post on 2019-9-19 21:04:28

sob老师的培训班。

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-9-19 22:00:24

sob老师的培训班是最速成且全面的

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-20 03:52:35

基础理论知识看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)。但里面关于力场的内容已经过时了。

gmx自学可以看手册，2019版手册比以前版本内容充实得多，对初学者更友好。也看本论坛里的相关讨论
Justin写了几个在线的教程，有一定名气：http://www.mdtutorials.com/gmx/index.html。但有不少地方写得在我来看不甚合理，内容也不够全面和详细，很多要点都没提，不过比不看强。

完全纯自学的话，由于amber网站上有系统的官方教程，自学难度低一些。不过一旦把gmx掌握了，之后还是会觉得大多数情况用gmx比用amber强得多，而且amber支持GPU加速的PMEMD还是收费的。

比较科音的下一届动力学与gmx培训班最早今年12月就会开。
（实话说，如果用gmx的话，现阶段开始找各种资料自学、摸索，等到参加培训班后，很大可能会觉得之前做的大部分都是无用功）

不是兔纸不是猫 · 发表于 Post on 2019-9-20 15:58:49

sobereva 发表于 2019-9-20 03:52
基础理论知识看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)。但里面关于力场的内容 ...

跪求老师尽早开班，也跪求老师尽早通知，海外党要提前跟老板申请办手续耗时耗力，跪求跪求了

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-21 00:22:51

不是兔纸不是猫发表于 2019-9-20 15:58
跪求老师尽早开班，也跪求老师尽早通知，海外党要提前跟老板申请办手续耗时耗力，跪求跪求了

最新安排和打算都体现在科音官网的科研预告栏目上

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