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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包

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喵星人

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发表于 Post on 2024-2-29 13:30:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2024-2-29 13:35 编辑
wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

这套参数的rtp文件里面缺少OL1残基的C12和+C11的成键,补上这个成键之后还是缺参数的

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17#
发表于 Post on 2024-8-21 17:52:26 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢(毕竟amber19sb+opc效果最好嘛)

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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
请教老师,我的体系是LiFSI+TEP+BTFE,我应该选择什么力场?下面是我的top文件
[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
s6          16    32.064787    0.000000    A      3.563595E-01    1.046000E+00
f            9    18.998403    0.000000    A      3.118146E-01    2.552240E-01
o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
n3           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
UF_Li        3     6.940037    0.000000    A      2.183593E-01    1.046000E-01
p5          15    30.973762    0.000000    A      3.741775E-01    8.368000E-01
os           8    15.999405    0.000000    A      3.000012E-01    7.112800E-01
c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02
hc           1     1.007941    0.000000    A      2.649533E-01    6.568880E-02

#include "LiFSI.itp"
#include "TEP.itp"
#include "BTFE.itp"

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 05:43 | 只看该作者 Only view this author
李赛亚 发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢(毕竟amber19sb+opc效果最好嘛)

GROMACS 2026已经自带了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 05:45 | 只看该作者 Only view this author
Nsy1 发表于 2026-7-21 18:30
请教老师,我的体系是LiFSI+TEP+BTFE,我应该选择什么力场?下面是我的top文件
[ atomtypes ]
; name   a ...

你都用了sobtop创建了GAFF力场原子类型的拓扑文件,当然是GAFF
如果你是指主拓扑文件用哪个,用任意AMBER力场目录下的forcefield.itp
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 前天 12:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-24 05:45
你都用了sobtop创建了GAFF力场原子类型的拓扑文件,当然是GAFF
如果你是指主拓扑文件用哪个,用任意AMBE ...

谢谢老师指导,我是选择TEP(磷酸三乙酯)作为阻燃剂,BTFE(双(2,2,2-三氟乙基)醚)作为溶剂,LiFSI是双氟磺酰基亚胺锂,下面是我的三个分子itp文件,主拓扑文件就在AMBER14SB+parmbsc1(除尚未在期刊正式发表的19SB以外最佳的Amber蛋白质力场结合核酸的补丁包):http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields(此地址已失效。新地址:https://www.gromacs.org/user_contributions.html)选择AMBER开头的任意一个就可以了吗?

TEP.itp

19.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

磷酸三乙酯

BTFE.itp

11.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

(双(2,2,2-三氟乙基)醚)

LiFSI.itp

6.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

双氟磺酰基亚胺锂

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 13:58 | 只看该作者 Only view this author
Nsy1 发表于 2026-7-24 12:58
谢谢老师指导,我是选择TEP(磷酸三乙酯)作为阻燃剂,BTFE(双(2,2,2-三氟乙基)醚)作为溶剂,LiFSI ...

直接用自带的AMBER99SB的就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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