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[GROMACS] 求助,在GAFF力场下做MD模拟后出现了分子断键的情况

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本帖最后由 乐嘻嘻嘻 于 2019-11-13 11:17 编辑

各位老师好,我在动力学模拟PC71BM时候,如图所示,最终的分子构型的88号C和86号C中间单键断裂,86号C上的H也断裂,不知是因为itp文件有问题,还是力场参数设置的不对~itp文件中相关的原子类型和键如图,麻烦各位老师

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发表于 Post on 2019-10-24 15:13:57 | 只看该作者 Only view this author
未必是断了,也有可能是可视化程序自行判定不成键。
一程山水一程歌

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3#
发表于 Post on 2019-10-26 03:57:25 | 只看该作者 Only view this author
只不过比常规C-C键范围远了一点,没有什么异常。仔细看此文了解gview对成键是怎么判断的
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

从结构看,倒是C60明显不合理。这种体系用GAFF模拟可信度极低。还不如用xtb跑GFN-xTB下的MD,对这种大小体系也没多少耗时。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-10-26 08:09:57 | 只看该作者 Only view this author
请问你这个模型是如何构建的?是手画还是模板还是编程呢?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-10-27 01:14:00 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-10-26 08:09
请问你这个模型是如何构建的?是手画还是模板还是编程呢?

gview摆一下就出来,很容易
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发表于 Post on 2019-10-28 08:02:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-27 01:14
gview摆一下就出来,很容易

谢谢老师1
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-28 08:36:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-26 03:57
只不过比常规C-C键范围远了一点,没有什么异常。仔细看此文了解gview对成键是怎么判断的
谈谈原子间是否成 ...

谢谢老师~

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