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[GROMACS] 求助GROMACS如何使用pcff、Dreiding等力场

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请各位大佬指导呀
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发表于 Post on 2019-10-30 18:25:26 | 只看该作者 Only view this author
手动自己补
UFF拓扑文件可以通过OBGMX(http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/)直接生成
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-30 19:05:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-30 18:25
手动自己补
UFF拓扑文件可以通过OBGMX(http://software-lisc.fbk.eu/obgmx/)直接生成

谢谢sob老师,手动补大概是怎么操作呢
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发表于 Post on 2019-10-30 19:26:06 | 只看该作者 Only view this author
你想引用一整套全部信息得力场虽然不是不可能,但是有点不现实,工作量大而且不是都对你有用,所以,你需要写你用的着得东西就行。大致思路就是你可以查你想用得力场得函数类型,对应gromacs中得func,(键长,键角。非键,二面角等), 然后 你粒子得原子类型,这些都有后,把这些写进一个top文件里,确认无误就可以直接用了。pdb2gmx小程序是针对几个力场方便编写top文件得一种方法,类似于一个脚本。和你直接写是一个道理,之后的pdb文件可以用trjconv命令转换。希望对你有参考作用。
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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