计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 11644|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 1000原子体系orca并行计算出错

[复制链接 Copy URL]

29

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1196

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好!
我现在在计算一个金属团簇(总分子数1000左右),用ORCA计算的时候发现,如果用10核并行计算不会出错,如果用18核或者30核计算,并行计算的时候就会出错,具体的输入文件核出错信息见后。orca的版本4.2.0和4.2.1都用过,openmpi的版本是3.1.4。
请问这个错误该怎么解决,要重装openmpi吗。或者计算的体系太大导致不能并行太多核心?

输入文件的关键字如下,通过multiwfn软件生成的。
  1. ! wB97X-D3 def2-SV(P) def2/J RIJCOSX noautostart miniprint nopop
  2. %maxcore 3000
  3. %pal nprocs  30 end
  4. %tddft
  5. Mode sTDDFT
  6. Ethresh 7.0
  7. PThresh 1e-4
  8. PTLimit 30
  9. maxcore 3000
  10. end
  11. * xyz   0   1
复制代码



错误信息如下。
  1. ************************************************************
  2.            *        Program running with 30 parallel MPI-processes    *
  3.            *              working on a common directory               *
  4.            ************************************************************
  5. One Electron integrals                  ... done
  6. Pre-screening matrix                    ... done

  7. ORCA finished by error termination in GTOInt
  8. Calling Command: mpirun -np 30  /home/yan-g16/orca421/orca_gtoint_mpi Au24-2mol-sTDDFT-1.int.tmp Au24-2mol-sTDDFT-1
  9. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  10.   .... aborting the run
复制代码



538

帖子

1

威望

5773

eV
积分
6331

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2019-11-19 15:18:42 | 只看该作者 Only view this author
1000个分子的体系?

29

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1196

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-19 15:19:27 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2019-11-19 15:18
1000个分子的体系?

很大的团簇,想试试看orca行不行,结果连并行都上不了。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2019-11-19 15:56:26 | 只看该作者 Only view this author
1000原子做杂化泛函DFT没戏
用xtb吧

单纯对于这个问题本身,maxcore给大点,核数改小点可以试试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1196

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-19 19:12:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-19 15:56
1000原子做杂化泛函DFT没戏
用xtb吧

多谢社长!
那我换方法吧,如果用xtb或者其他半经验方法算激发态能得到定性准确的结果吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2019-11-20 01:28:06 | 只看该作者 Only view this author
xiaxue 发表于 2019-11-19 19:12
多谢社长!
那我换方法吧,如果用xtb或者其他半经验方法算激发态能得到定性准确的结果吗?

xtb本身不是算激发态的,但xtb-TDA可以算激发态
你可以看看Grimme的文章,结果还不错,但是金属团簇属于挑战难度较高的体系,能否定性准确不好说。你可以先用个TDDFT也能算得动的也是由这种元素构成的团簇做个对比测试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1196

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 08:33:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-20 01:28
xtb本身不是算激发态的,但xtb-TDA可以算激发态
你可以看看Grimme的文章,结果还不错,但是金属团簇属于 ...

太感谢社长了,有方向了!!!

739

帖子

0

威望

1715

eV
积分
2454

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2019-11-20 15:18:04 | 只看该作者 Only view this author
很可能你的内存不够用!虽然可以用关键词限定内存,但是如果结构太大,Orca会调用额外的内存。算着算着就崩溃了!之前用3.*的老版本就如此,不知现在改进了没有。

29

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1196

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-21 19:55:26 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2019-11-20 15:18
很可能你的内存不够用!虽然可以用关键词限定内存,但是如果结构太大,Orca会调用额外的内存。算着算着就崩 ...

应该是内存不够,我后面试过用10个核,每个核10G内存,orca都报警了。
只能继续加大内存,减少核心数。

29

帖子

0

威望

818

eV
积分
847

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2020-7-8 11:21:05 | 只看该作者 Only view this author
一千个原子的金团簇,是带外层配体的?我也计算过类似的体系,尝试过不同的maxcore和nprocs,减小核数增大maxcore确实有效果。现在要计算更大尺寸的,金原子数超过300的团簇,现有的机器内存算不动。Sob老师说的xTB+sTDA的方法是指利用xTB先优化结构再用sTDA程序计算吧,sTDA程序对内存的控制是否会比ORCA要好一点?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2020-7-13 12:02:45 | 只看该作者 Only view this author
熊琳 发表于 2020-7-8 11:21
一千个原子的金团簇,是带外层配体的?我也计算过类似的体系,尝试过不同的maxcore和nprocs,减小核数增大m ...

xtb优化,然后做sTDA-xTB,不是指基于DFT轨道做sTDA
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

818

eV
积分
847

Level 4 (黑子)

12#
发表于 Post on 2020-7-18 17:37:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 12:02
xtb优化,然后做sTDA-xTB,不是指基于DFT轨道做sTDA

原来我理解错了,之前看您文章的时候以为是先用xTB做单点得到稳定的波函数,再基于此进行sTDA计算。谢谢老师指正!尝试过用xTB优化我做的体系(配体保护金团簇),用了--gfn 0 和1,发现优化的效果都不太好,用--gfn 2速度又太慢。不知道是不是xTB对不同体系具有不同的优化效果,或者xTB优化对哪些体系比较适用?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2020-7-19 12:43:01 | 只看该作者 Only view this author
熊琳 发表于 2020-7-18 17:37
原来我理解错了,之前看您文章的时候以为是先用xTB做单点得到稳定的波函数,再基于此进行sTDA计算。谢谢 ...

GFN0-xTB的稳健程度低,杂七杂八的体系甭用这个

GFN2-xTB并不比GFN1-xTB在实际结果上强多少

目前据我所知,还没有曝光出GFN1或2对于哪类问题有已知的非常严重的问题(当然精度就那么回事)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

14#
发表于 Post on 2020-7-19 13:39:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-19 12:43
GFN0-xTB的稳健程度低,杂七杂八的体系甭用这个

GFN2-xTB并不比GFN1-xTB在实际结果上强多少

6.3.2之前的xtb程序用gfn2优化过Pd配合物会弄出很离谱的结构,6.3.2修复了,应该是程序本身的bug

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 06:52 , Processed in 0.164912 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list