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[新手求助] 异丙醇脱氢过渡态结构的构建问题

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在初猜结构中,我试着拉长1号碳和6号氢之间的距离,以这个作为我的初猜结构。输入文件是#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-311g** em=gd3
结果也有一个虚频,但是振动方向不是我想要的6号氢原子脱离1号碳原子。所以我又一下几个问题,还望各位老师解答
1. 我拉长碳和氢之间的距离构建初猜结构的方式正确吗
2.这个虚频是不是意味着可能存在过渡态
3.如果我构建的结构是对的,那这个振动方向是对的吗
麻烦各位老师指教,本人刚结束量化,问的可能有点low,还望各位见谅

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发表于 Post on 2019-11-25 11:07:18 | 只看该作者 Only view this author
看起来像是甲基旋转的过渡态

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发表于 Post on 2019-11-25 19:01:13 | 只看该作者 Only view this author
你想找的那个脱氢过程根本就没有过渡态,单纯的共价键断裂,几乎一律都是能量单纯升高的

你图里那个虚频对应的是甲基旋转的过渡态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-26 11:41:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-25 19:01
你想找的那个脱氢过程根本就没有过渡态,单纯的共价键断裂,几乎一律都是能量单纯升高的

你图里那个虚频 ...

非常感谢sob老师的回复,请问老师结构中羟基的H和氧断裂存在过渡态吗,因为我知道异丙醇脱氢会生成丙酮,所以想找具体脱哪一个氢,并寻找过渡态。麻烦老师帮忙答疑。再次谢谢老师

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发表于 Post on 2019-11-26 23:31:47 | 只看该作者 Only view this author
朱陈 发表于 2019-11-26 11:41
非常感谢sob老师的回复,请问老师结构中羟基的H和氧断裂存在过渡态吗,因为我知道异丙醇脱氢会生成丙酮, ...

不存在
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-27 19:27:49 | 只看该作者 Only view this author


老师,后面我想应该是8号和10号的氢脱去生成丙酮,所以我做了一个柔性扫描,关键词是pm6 opt=modredundant nosymm
然后报错link 9999, 我想请问老师可以用这个scan扫描的能量最高的作为我的过渡态的初猜结构吗?麻烦老师您了

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发表于 Post on 2019-11-27 20:11:40 | 只看该作者 Only view this author
你确定异丙醇无催化剂能脱氢?
协同脱去H2的过渡态结构显然不合理 对称性禁阻
如果是专门研究几千摄氏度下的反应则另说

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发表于 Post on 2019-11-28 02:15:34 | 只看该作者 Only view this author
朱陈 发表于 2019-11-27 19:27
老师,后面我想应该是8号和10号的氢脱去生成丙酮,所以我做了一个柔性扫描,关键词是pm6 opt=modredund ...

可以尝试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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