DMol3计算电催化过程自由能的问题

zorow · 发表于 Post on 2019-12-27 11:02:03

本帖最后由 zorow 于 2019-12-27 11:12 编辑

各位老师好，本人目前在计算电催化过程的阶梯图。用DMol3完成了几何优化和频率计算，但计算自由能的时候有一点疑惑：
DMol3的输出文件中有不同温度下的自由能和熵(图1)，按照DMol3的教程，自由能=E(电子总能)+G(输出文件中的自由能校正量)；而按照公式G=E+ZPE-TS，我需要通过频率来计算电子总能、ZPE和TS(如图2)。请问这两种方法哪个更好？采用第二种方法的时候，通过tool-vibrational analysis得出的频率很多，一些为负的是不是就被排除了？另外一些强度很小的频率，是否也可以排除？谢谢大家！

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-1-2 06:01:32

在vibrational analysis看没虚频的情况下，直接看G就行。需要注意的是，分子在不放到格子处理的时候，程序会处理平动和转动，自己加很容易忽略这些项。vibrational analysis应该并不是直接略去负的和强度小的模式。应该是根据特定的投影规则去除整体运动的贡献。

zorow · 发表于 Post on 2020-1-2 10:23:49

卡开发发发表于 2020-1-2 06:01
在vibrational analysis看没虚频的情况下，直接看G就行。需要注意的是，分子在不放到格子处理的时候，程序 ...

感谢卡开发发老师的回复，新年快乐！“分子在不放到格子处理的时候”指的是吸附前气相分子的自由能吗？这个我其实准备查表处理的。

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-1-2 13:04:48

zorow 发表于 2020-1-2 10:23
感谢卡开发发老师的回复，新年快乐！“分子在不放到格子处理的时候”指的是吸附前气相分子的自由能吗？这 ...

对，但建议即便这样最好别把分子放格子里面算。

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-1-2 13:05:03

zorow 发表于 2020-1-2 10:23
感谢卡开发发老师的回复，新年快乐！“分子在不放到格子处理的时候”指的是吸附前气相分子的自由能吗？这 ...

对，但建议即便这样最好别把分子放格子里面算。

zorow · 发表于 Post on 2020-1-2 14:56:44

卡开发发发表于 2020-1-2 13:05
对，但建议即便这样最好别把分子放格子里面算。

好的老师，感谢您的指教！

随心恣意 · 发表于 Post on 2020-5-24 09:19:27

你好，你算自由能的时候，没有算这个过渡态吧

huangbing- · 发表于 Post on 2022-1-7 16:48:35

你好，我也遇到了相同的问题，也是电催化反应

，用CASTEP模块计算了E，然后如何进行校正到G呢？我的理解是楼主你用的是dmol3计算出频率，固定住其他原子，除了吸附物，得到的要校正的G值对吗

vizq · 发表于 Post on 2022-5-31 10:45:23

请问楼主，计算电催化的反应自由能变化的时候，液态水分子的自由能以及氢氧根等物质的自由能是怎么计算的？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CASTEP/Dmol3/MS] DMol3计算电催化过程自由能的问题

评分 Rate