QM/MM计算过程出现问题

大石头

我在运行NAMD计算QM/MM的时候总是提示错误
TCL: Minimizing for 200 steps
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
ERROR: Could not find QM output file!
FATAL ERROR: (unknown error): No such file or directory
请问有老师知道这个大概是什么原因吗？

chenjinfeng850

提示是说 没有找到QM计算的输出文件。
你检查一下 NAMD 有没有调用到Mopac 或者ORCA 进行QM计算，
如果有QM计算产生，估计是QM区域选取的问题，导致QM计算失败没有QM输出文件。

大石头

chenjinfeng850 发表于 2020-1-30 15:38
提示是说 没有找到QM计算的输出文件。
你检查一下 NAMD 有没有调用到Mopac 或者ORCA 进行QM计算，
如果有 ...

非常感谢您的回复！ 我是临时受命要做QM/MM....我一点经验都没有，非常难进行下去。。
下面是输出文件的部分内容，看样子似乎MOPAC是可以被调用的？QM区域可能是选择有问题的，因为我的体系不是蛋白质，我是手动建立了一个QM区域的，您可以帮我看一下吗。
Info: QM FORCES ACTIVE
Info: QM PDB PARAMETER FILE: FOL_Pd_qm.pdb
Info: QM SOFTWARE: mopac
Info: QM ATOM CHARGES FROM QM SOFTWARE: MULLIKEN
Info: QM EXECUTABLE PATH: /projects/chzh7762/software/install/opt/mopac/MOPAC2016.exe
Info: QM COLUMN: beta
Info: QM BOND COLUMN: occ
Info: QM WILL DETECT BONDS BETWEEN QM AND MM ATOMS.
Info: QM-MM BOND SCHEME: Charge Shift.
Info: QM BASE DIRECTORY: /scratch/summit/chzh7762/QM-MM/dev/shm
Info: QM CONFIG LINE: PM7 XYZ T=2M 1SCF CUTOFF=9.0 AUX LET GRAD QMMM GEO-OK
Info: QM CONFIG LINE: Test_System
Info: QM POINT CHARGES WILL BE SELECTED EVERY 1 STEPS.
Info: QM Point Charge Switching: ON.
Info: QM Point Charge SCHEME: none.
Info: QM executions per node: 1
Info: LANGEVIN DYNAMICS ACTIVE
Info: LANGEVIN TEMPERATURE   423
Info: LANGEVIN USING BBK INTEGRATOR
Info: LANGEVIN DAMPING COEFFICIENT IS 50 INVERSE PS
Info: LANGEVIN DYNAMICS APPLIED TO HYDROGENS
Info: LANGEVIN PISTON PRESSURE CONTROL ACTIVE
Info:        TARGET PRESSURE IS 1.01325 BAR
Info:     OSCILLATION PERIOD IS 200 FS
Info:             DECAY TIME IS 100 FS
Info:     PISTON TEMPERATURE IS 423 K
Info:       PRESSURE CONTROL IS GROUP-BASED
Info:    INITIAL STRAIN RATE IS 0 0 0
Info:       CELL FLUCTUATION IS ISOTROPIC
Info: PARTICLE MESH EWALD (PME) ACTIVE
Info: PME TOLERANCE               1e-06
Info: PME EWALD COEFFICIENT       0.257952
Info: PME INTERPOLATION ORDER     4
Info: PME GRID DIMENSIONS         252 252 252
Info: PME MAXIMUM GRID SPACING    1
Info: Attempting to read FFTW data from FFTW_NAMD_Git-2020-01-21_Linux-x86_64-multicore.txt
Info: Optimizing 6 FFT steps.  1... 2... 3... 4... 5... 6...   Done.
Info: Writing FFTW data to FFTW_NAMD_Git-2020-01-21_Linux-x86_64-multicore.txt
Info: FULL ELECTROSTATIC EVALUATION FREQUENCY      1
Info: USING VERLET I (r-RESPA) MTS SCHEME.
Info: C1 SPLITTING OF LONG RANGE ELECTROSTATICS
Info: PLACING ATOMS IN PATCHES BY HYDROGEN GROUPS
Info: RANDOM NUMBER SEED     7910881
Info: USE HYDROGEN BONDS?    NO
Info: COORDINATE PDB         FOL_Pd.pdb
Info: STRUCTURE FILE         FOL_Pd.psf
Info: PARAMETER file: CHARMM format!
Info: PARAMETERS             CHARMpars/par_all36_cgenff.prm
Info: PARAMETERS             CHARMpars/par_all36m_prot_SAHO_Graphite_mod.prm
Info: USING ARITHMETIC MEAN TO COMBINE L-J SIGMA PARAMETERS

大石头

以下是QM的pdb文件。非常感谢！

ATOM   1411 Pd   PD      157   125.994 140.501 142.026  0.00  0.00      PD   P
ATOM   1412 Pd   PD      157   126.956 138.242 145.340  0.00  0.00      PD   P
ATOM   1413 Pd   PD      157   127.563 146.418 136.143  0.00  0.00      PD   P
ATOM   1414 Pd   PD      158   128.358 144.470 139.163  0.00  0.00      PD   P
ATOM   1415 Pd   PD      158   129.071 142.372 142.404  0.00  0.00      PD   P
ATOM   1416 C1   FOL     1     131.591 139.025 149.803  1.00  1.00      FOL  C
ATOM   1417 C2   FOL     1     132.608 138.120 149.900  0.00  1.00      FOL  C
ATOM   1418 C3   FOL     1     132.472 137.244 148.856  0.00  1.00      FOL  C
ATOM   1419 C4   FOL     1     131.303 137.548 148.170  0.00  1.00      FOL  C
ATOM   1420 O1   FOL     1     130.743 138.651 148.762  0.00  1.00      FOL  O
ATOM   1421 C5   FOL     1     130.593 136.890 147.040  0.00  1.00      FOL  C
ATOM   1422 O2   FOL     1     129.769 137.995 146.752  0.00  1.00      FOL  O
ATOM   1423 H1   FOL     1     131.390 139.890 150.408  0.00  1.00      FOL  H
ATOM   1424 H2   FOL     1     133.469 138.221 150.564  0.00  1.00      FOL  H
ATOM   1425 H3   FOL     1     133.237 136.604 148.347  0.00  1.00      FOL  H
ATOM   1426 H4   FOL     1     129.884 136.131 147.352  0.00  1.00      FOL  H
ATOM   1427 H5   FOL     1     131.218 136.660 146.187  0.00  1.00      FOL  H
ATOM   1428 H6   FOL     1     130.128 138.602 147.404  1.00  1.00      FOL  H
ATOM   1429 S1   LIG     1     133.866 118.036 139.961  0.00  0.00      LIG  S
ATOM   1430 C6   LIG     1     133.640 115.680 138.673  0.00  0.00      LIG  C
ATOM   1431 C7   LIG     1     134.073 116.255 140.031  0.00  0.00      LIG  C
ATOM   1432 H7   LIG     1     134.226 114.761 138.457  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1433 H8   LIG     1     133.955 116.414 137.955  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1434 H9   LIG     1     135.168 116.040 140.018  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1435 H10  LIG     1     133.547 115.591 140.829  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1436 C8   LIG     1     131.871 114.241 137.715  0.00  0.00      LIG  C
ATOM   1437 C9   LIG     1     132.195 115.376 138.568  0.00  0.00      LIG  C
ATOM   1438 H11  LIG     1     132.618 114.306 136.852  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1439 H12  LIG     1     130.864 114.249 137.375  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1440 H13  LIG     1     131.668 115.254 139.544  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1441 H14  LIG     1     131.633 116.352 138.293  0.00  0.00      LIG  H
ATOM   1442 C10  LIG     1     131.623 111.617 137.496  0.00  0.00      LIG  C

chenjinfeng850

我看了一下你的QM区域结构，你是要做多QM区域的QM/MM 计算吗？
我建议你再检查一下QM的原子是否有问题。
或者先做一下单个QM区域的计算看看是否成功。
你的MOPAC 有输出吗？看起来应该是MOPAC失败了导致的问题。

大石头

chenjinfeng850 发表于 2020-1-31 08:10
我看了一下你的QM区域结构，你是要做多QM区域的QM/MM 计算吗？
我建议你再检查一下QM的原子是否有问题。
...

您好，我只想做单个QM区域的计算，只不过我的系统不是多肽，所以我只能手动建立一个简单的QM区域，但是我不太会准确定义QM区域，所以应该是QM区域定义错了，，，请问我要怎么改？这里FOL是一个有机小分子，我想把这个有机小分子定义为QM区域。
我的MOPAC有2个输出文件，qmmm_0.input和mol.in

qmmm_0.input

PM7 XYZ T=2M 1SCF MOZYME CUTOFF=9.0 AUX LET GRAD QMMM GEO-OK CHARGE=1
FOL_Pd
C 131.591000 1 139.025000 1 149.803000 1
C 132.608000 1 138.120000 1 149.900000 1
C 132.472000 1 137.244000 1 148.856000 1
C 131.303000 1 137.548000 1 148.170000 1
O 130.743000 1 138.651000 1 148.762000 1
C 130.593000 1 136.890000 1 147.040000 1
O 129.769000 1 137.995000 1 146.752000 1
H 131.390000 1 139.890000 1 150.408000 1
H 133.469000 1 138.221000 1 150.564000 1
H 133.237000 1 136.604000 1 148.347000 1
H 129.884000 1 136.131000 1 147.352000 1
H 131.218000 1 136.660000 1 146.187000 1
H 130.128000 1 138.602000 1 147.404000 1




mol.in

13 0
C 131.591000 139.025000 149.803000 0.000000
C 132.608000 138.120000 149.900000 0.000000
C 132.472000 137.244000 148.856000 0.000000
C 131.303000 137.548000 148.170000 0.000000
O 130.743000 138.651000 148.762000 0.000000
C 130.593000 136.890000 147.040000 0.000000
O 129.769000 137.995000 146.752000 0.000000
H 131.390000 139.890000 150.408000 0.000000
H 133.469000 138.221000 150.564000 0.000000
H 133.237000 136.604000 148.347000 0.000000
H 129.884000 136.131000 147.352000 0.000000
H 131.218000 136.660000 146.187000 0.000000
H 130.128000 138.602000 147.404000 0.000000
非常感谢您的回复。

fhh2626

你直接用生成的输入文件运行mopac看看会有什么提示？

大石头

fhh2626 发表于 2020-1-31 10:06
你直接用生成的输入文件运行mopac看看会有什么提示？

您好，我用生成的qmmm_0.input文件拖进mopac之后可以生成3个文件，.arc,.aux,out三个文件，是不是说明我的NAMD调用MOPAC有问题？

fhh2626

大石头 发表于 2020-1-31 11:29
您好，我用生成的qmmm_0.input文件拖进mopac之后可以生成3个文件，.arc,.aux,out三个文件，是不是说明我 ...

我觉得是NAMD没有正确执行MOPAC

大石头

fhh2626 发表于 2020-1-31 16:53
我觉得是NAMD没有正确执行MOPAC

奥，应该是的，这个怎么解决呢。。哎 我弄了好久了 就是卡在这里了

fhh2626

大石头 发表于 2020-2-1 01:26
奥，应该是的，这个怎么解决呢。。哎 我弄了好久了 就是卡在这里了

这个不好说，看看mopac有没有可执行权限，路径设对没有

或者你自己执行一下这个你设置的这个路径

Lifeisgood

您好，请问现在解决了吗？我也遇到了同样的问题。