gromacs中如何对膜施加压力？

IamHK

1971806673 发表于 2021-7-15 16:13
您好，我也遇到您半年前遇到的相似的问题，我需要给一个聚偏氟乙烯薄膜右1/2部分施加一个恒定力，左1/2部分 ...

将固定不动部分的原子设定为一个组，施压部分原子设定为另外一个组，使用pulll拉动就行。找gromacs教程有拉动参数设置，

1971806673

IamHK 发表于 2021-7-15 17:28
将固定不动部分的原子设定为一个组，施压部分原子设定为另外一个组，使用pulll拉动就行。找gromacs教程有 ...

好的，谢谢您

yejustme

sobereva 发表于 2020-2-21 19:43
对于外压不对称的情况，用pull设置实现，两个板定义成两个组，分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps ...

老师，我做过类似的研究有几个问题想问一下：
1）我之前也用的acc-grps，通过accelerate来设定加速度。但是也发现在50 MPa压力下仍然不能推动水分子过膜，要加100MPa及以上的压强才行。听一个老师说，acc-grps功能有bug，这样做其实有问题，从gromacs论坛来看将来甚至这个功能都要被砍掉了。
https://gromacs.bioexcel.eu/t/co ... on-md-anti-bug/1614
2）采用pull方法，该老师说达不到预期的压强，压力是一直变并且不可知的。不知道是不是这样？而且应该如何设置需要的力？
mdp文件设置：
pull-coord1-type=constant-force
pull-coord1-k应该怎么设置，直接等于需要的力吗？
谢谢。

sobereva

yejustme 发表于 2021-9-11 10:46
老师，我做过类似的研究有几个问题想问一下：
1）我之前也用的acc-grps，通过accelerate来设定加速度。 ...

至少我用gmx 2016.4、2018.8没有问题
靠pull没有acc-grps省事

JCenter

sobereva 发表于 2020-2-21 19:43
对于外压不对称的情况，用pull设置实现，两个板定义成两个组，分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps ...

1.老师，这里的pull施加的力代表不对称外压和使用的压浴有无冲突和矛盾呢。假设整个体系在Parrinello-Rahman控压器下将体系的X\Y/Z三个方向通过缩放盒子将压力维持在1bar,如果z方向两侧的石墨烯板再施加换算得到的代表300bar（左）和1bar（右）的力常数，进行恒力pull，那z方向的压浴和pull代表的压力会冲突吗，如左边的石墨烯板的300bar pulll力和1bar压浴。还是说，我应该将z方向的压浴去掉，直接在xy周期性和NPT下在z方向仅使用pull代表压力呢。
2.对于这种z方向不对称压力的情况下进行多孔材料不对称压力下的过滤渗透模拟，我看有的文献使用NVT，然后在z方向两侧施压，进行NEMD,但我觉得NVT不太适合符合实际情况，因为膜的X/Y方向不可能没1bar的大气压，x/y方向我感觉理应加1bar压浴，老师您觉得我这样考虑是否正确。