求助，使用gromacs模拟小分子跑成螺旋形状。

明园 · 发表于 Post on 2020-6-23 14:26:04

本帖最后由明园于 2020-6-23 18:04 编辑

卢老师，您好，我们从SEM上看出体系自组装是会有螺旋的，但是每次做完nvt和npt平衡后，体系变化很大，md以后也很不好看跑的。我们怀疑mdp文件出现了错误，能不能麻烦卢老师帮忙看一下是什么问题。我们最终想要跑成的效果是类似图一的。但我们md跑完就乱掉了-图二。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-23 17:21:08

我不知道你在什么环境下模拟的，真空还是溶剂，没结构文件没法说更多
别一开始就在常温gen_vel，本来分子间作用就弱，还初速度这么大，维持住那么理想的形态并不容易。整个模拟尽量用低温
不要用完全多余的all-bonds

明园 · 发表于 Post on 2020-6-23 18:05:14

本帖最后由明园于 2020-6-23 18:08 编辑

sobereva 发表于 2020-6-23 17:21
我不知道你在什么环境下模拟的，真空还是溶剂，没结构文件没法说更多
别一开始就在常温gen_vel，本来分子 ...

谢谢卢老师，感谢您，我上传了整个初始体系，辛苦老师看一下
我是在溶剂十烷的体系下进行模拟的。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-24 16:36:31

图1过于理想化了，看你当前的分子结构，想跑成精确的那样不可能。你目前得到的结果很合理

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[GROMACS] 求助，使用gromacs模拟小分子跑成螺旋形状。