求助制作具有重复单元的三维笼状物itp文件（opls-aa力场）

企鹅6 · 发表于 Post on 2020-7-4 09:15:41

请问老师，我想做一个具有三个连接点重复单元的笼状物itp文件（opls-aa力场），初步设想是按照做聚合物的思想，先做一个重复单元的rtp，由于我的是三维结构，我无法判断头基和尾基，我的想法是用氢原子封端的三个重复单元片段将重复单元连接起来做成pdb文件提交到TPPmktop得到rtp文件，这样做合理吗，还有就是这个TPPmktop好像一直在用，有其他生成rtp文件的工具能推荐一下吗

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-7-4 12:37:26

重复单元内的原子不太多的话，可以自己写一个n2t文件放到opls力场文件里，然后试试用x2top生成重复单元的itp文件

企鹅6 · 发表于 Post on 2020-7-4 13:39:36

Lacrimosa 发表于 2020-7-4 12:37
重复单元内的原子不太多的话，可以自己写一个n2t文件放到opls力场文件里，然后试试用x2top生成重复单元的it ...

重复单元有204个原子，写n2t文件的话，我是需要写所有的原子关系还是可以省略重复的原子。我还有个想法是将重复单元提交到LigParGen，得到itp文件，然后利用脚本得到笼状结构的itp文件，笼状结构的pdb文件则用Gaussian view手动将重复单元连接起来，但这样做以后好像笼状结构的pdb和itp无法匹配，希望您的再次回复，非常感谢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-7-5 10:28:40

企鹅6 发表于 2020-7-4 13:39
重复单元有204个原子，写n2t文件的话，我是需要写所有的原子关系还是可以省略重复的原子。我还有个想法是 ...

204个原子中有多少原子类型？ n2t文件只需要写出每种原子类型的成键关系电荷量等参数即可，生成单个重复单元后，可以在top中用[ intermolecular_interactions ]将重复单元连接起来

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-20 15:47:27

Lacrimosa 发表于 2020-7-5 10:28
204个原子中有多少原子类型？ n2t文件只需要写出每种原子类型的成键关系电荷量等参数即可，生成单个重复 ...

您好。请问 [ intermolecular_interactions ]指令的使用方法哪里可以找到？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-8-20 17:00:29

ONTHEWAY 发表于 2021-8-20 15:47
您好。请问 [ intermolecular_interactions ]指令的使用方法哪里可以找到？

gromacs的手册里搜索这一关键词

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-20 18:13:26

Lacrimosa 发表于 2021-8-20 17:00
gromacs的手册里搜索这一关键词

好的谢谢您

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[GROMACS] 求助制作具有重复单元的三维笼状物itp文件（opls-aa力场）