关于能量最小化后盒子边界的水的问题

huangfuxin

1.请教一下为什么能量最小化之后边界水的H和O都分散了呢，如图。刚性水柔性水都试过了。constraints = h-bonds也没啥用。2.此外，首先我用AMBER构建的单个分子top文件。同时在gmx editconf中将多个分子的体系pdb转换为gro。生成.tpr时会有一些类似的警告：
Warning: atom name 1 in 6tnb_w.top and 6tnb_w.gro does not match (C1 - C)。
不知道会不会影响后期模拟，所以有什么好的办法吗？

附：能量最小化mdp文件如下
integrator = steep
emtol = 100.0
emstep = 0.01
nsteps = 1000
; output frequency
nstxout = 10
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog = 50
nstenergy = 50
nstxtcout = 0
xtc_grps = system
;
nstlist = 10
pbc = xyz
rlist = 1.2

;cutoff-scheme            = verlet
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.2
vdwtype = cut-off
rvdw = 1.2
DispCorr = EnerPres
;
constraints = none
constraint_algorithm = LINCS
implicit_solvent = no

await

轨迹修复，用gmx trjconv命令

Lacrimosa

只是显示的问题，不影响后续模拟，warning是说top中的原子名和gro文件中的原子名不一致，这也不会对模拟造成影响。

cherushui

仅仅是显示问题，像2楼说的用gmx trjconv  blabla   -pbc mol    ，或者在vmd中也可以用pbc wrap -all 命令都可以处理。

huangfuxin

await 发表于 2020-9-10 16:41
轨迹修复，用gmx trjconv命令

谢谢您

huangfuxin

Lacrimosa 发表于 2020-9-10 20:21
只是显示的问题，不影响后续模拟，warning是说top中的原子名和gro文件中的原子名不一致，这也不会对模拟造 ...

好的  谢谢~~

huangfuxin

cherushui 发表于 2020-9-10 23:06
仅仅是显示问题，像2楼说的用gmx trjconv  blabla   -pbc mol    ，或者在vmd中也可以用pbc wrap -all 命令 ...

学习了  谢谢您~