求助：Gromacs和Lammps对二氧化硅吸附不同气体的差异的适用性

moluren · 发表于 Post on 2020-9-21 09:19:26

最近，在做二氧化硅材料对气体吸附的计算时，查看论坛帖子后，产生疑惑。
1. Gromacs和Lammps哪一款程序更适合做上述计算呢（二氧化硅的构型用packmol或VMD绘制得到后，两款程序是否均适合呢？）
2. Gromacs、Lammps和MS等动力学分析模拟程序之间的化合物或聚合物构型是否能够混用呢（例如：在Lammps中提取到某一体系的构型，转换格式后可以在Gromacs下运行）
3. 请教各位老师，可否能够提供关于气体吸附的模拟计算材料呢
拜谢各位老师！！！

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-21 11:20:16

1 GROMACS速度快得多，能用gmx干的首选gmx。gmx算这类体系没有问题
2 可以
3 Google学术一搜一大把

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-9-21 11:27:36

1.两种都适用且有很多相关文章, 选择自己用着顺手的程序即可, 如果是刚接触模拟建议Gromacs,建模方面,二氧化硅一般用MS或者第一性原理相关的图形化软件建模比较合适。
2.能否混用要看程序是否支持相应的力场, 与结构关系不大, 对于聚合物来说charmm/amber/oplsaa/gromos等力场都可以在gmx和lammps中使用,如果是pcff/compass就只能在lammps/MS中使用。另外混用是否必要也需要考虑，lammps中提取出的构型直接在lammps中跑更合适，可以省去很多额外的步骤。

moluren · 发表于 Post on 2020-9-23 09:05:09

好的，谢谢老师的详细解答，学生受教了

moluren · 发表于 Post on 2020-9-23 09:14:03

sobereva 发表于 2020-9-21 11:20
1 GROMACS速度快得多，能用gmx干的首选gmx。gmx算这类体系没有问题
2 可以
3 Google学术一搜一大把

谢谢sob老师的解答，学生些许懒惰，自当勤加学习

BaiRui1 · 发表于 Post on 2022-7-18 11:05:51

Lacrimosa 发表于 2020-9-21 11:27
1.两种都适用且有很多相关文章, 选择自己用着顺手的程序即可, 如果是刚接触模拟建议Gromacs,建模方面,二氧 ...

请问gromos力场如何在lammps中使用

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-7-18 23:01:52

BaiRui1 发表于 2022-7-18 11:05
请问gromos力场如何在lammps中使用

http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
见此贴，在里面介绍了ATB数据库，其中提供了GROMOS力场的LAMMPS格式文件

BaiRui1 · 发表于 Post on 2022-7-19 16:43:10

Lacrimosa 发表于 2022-7-18 23:01
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
见此贴，在里面介绍了ATB数据库，其中提供了GROMOS力场的L ...

谢谢您，我现在得到的这个格式文件里用的就是LJ势函数，我在pair-style中设置LJ势函数就行了吗，格式文件里还有bond_coeff等参数还要设置吗，如果要设置的话要怎么设置呢

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