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[综合交流] 羟基自由基攻击有机化物反应过渡态跑偏了求助

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各位,想请教一下,我在做羟基自由基攻击有机化物反应时,在气相条件下找到了,但是在隐式溶剂下优化时过渡态又变成了稳定态,这个是什么原因引起的?该如何解决,谢谢!

隐式溶剂下优化的结果.jpg (20.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

隐式溶剂下优化的结果.jpg

气相优化的过渡态.jpg (20.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

气相优化的过渡态.jpg

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发表于 Post on 2020-12-10 08:28:53 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-10 08:31:18 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2020-12-10 08:28
调整初始结构、缩小优化步长不断尝试

那是不是意味着以后我在找过渡态时,若是在溶剂中的反应,根本不需要在气相中找过渡态,直接在隐式溶剂中找过渡态

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发表于 Post on 2020-12-10 08:33:42 | 只看该作者 Only view this author
clark_yang 发表于 2020-12-10 08:31
那是不是意味着以后我在找过渡态时,若是在溶剂中的反应,根本不需要在气相中找过渡态,直接在隐式溶剂中 ...

显然就应该这么做,还有一点需要注意,气相下找到了过渡态,在溶剂环境中不一定能定位到过渡态,反之亦然。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-10 08:39:27 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2020-12-10 08:33
显然就应该这么做,还有一点需要注意,气相下找到了过渡态,在溶剂环境中不一定能定位到过渡态,反之亦然 ...

好的,多谢您,那我得重新在隐式溶剂下找过渡态了,前面工作等于白做了

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发表于 Post on 2020-12-10 10:55:36 | 只看该作者 Only view this author
clark_yang 发表于 2020-12-10 08:39
好的,多谢您,那我得重新在隐式溶剂下找过渡态了,前面工作等于白做了

不算白做。气相里已经找好的那些过渡态,加上隐式溶剂也会较快收敛,相当于有个不错的初始结构
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-10 12:10:32 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-12-10 10:55
不算白做。气相里已经找好的那些过渡态,加上隐式溶剂也会较快收敛,相当于有个不错的初始结构

上面结果就是用气相条件下寻找过渡态,然后在隐式溶剂下进一步优化,但是优化后的结果不呈现过渡态,而是稳态,因为木有虚频

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发表于 Post on 2020-12-10 19:09:01 | 只看该作者 Only view this author
做个柔性扫描就彻底清楚了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-13 18:12:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-10 19:09
做个柔性扫描就彻底清楚了

谢谢sob老师,柔性扫描也是在隐式溶剂下进行么?

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发表于 Post on 2020-12-14 01:23:58 | 只看该作者 Only view this author
clark_yang 发表于 2020-12-13 18:12
谢谢sob老师,柔性扫描也是在隐式溶剂下进行么?

你要考虑溶剂下的势能面,就加溶剂模型
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