求助：autodock在linux上是否可以加速？能量评估选择long/medium对对接结果的影响

rookie

各位老师好，我在linux上用autodock做蛋白与一个小分子对接！
文献中说蛋白有三个活性口袋，然后我去https://proteins.plus上面看结合口袋，发现有7个口袋，但是前三名和文献的位置一致。
但是我怕蛋白和小分子对接，可能会对接到其他的位置，所以autodock的时候，box包括了整个蛋白，然后进行盲对接，进行聚类分析得到最好的位置。
1.   请问老师们，我的思路对吗？是否应该进行盲对接，然后聚类分析找出最好的位置，还是应该只对文献中的三个口袋位置进行对接。


然后我在生成500个结果的时候，只需要2h。（能量评估选择了medium）
后来我再生成500个结果（能量评估选择了long），竟然需要16个小时！
2.     老师们，这个long与medium对对接结果的影响大吗？是否一定要选择long？

3.     autodock在linux上是否可以加速，因为它只占用一个线程，然后要等16个小时才能出结果太难受了。我看他们给的方法是将任务分成多份，每份用一个线程去跑。但是我这种盲对接分开不了任务。还有别的方法可以进行加速吗？

4.  我也想选择autodock vina进行加速，但是vina并没有聚类分析的能力，然后vina的结果最多就是20个。然后就是vina是全经验的，感觉在单配体的情况下，准确率没有autodock高，这是我的错觉吗？(看了sob大之前对vina和autodock对比的文章，但是我还是分辨不出)

感谢各位老师用宝贵的时间看了我的疑问，不甚感激。
希望各位老师可以指导一下，谢谢！

puzhongji

（1）Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein–ligand complexes: the prediction accuracy of sampling power and scoring power
（2）Comparative Assessment of 7 Docking Programs on a Non-Redundant Metalloprotein Subset of the PDBbind Refined
（3）Comparative Evaluation of Covalent Docking Tools
（4）Comprehensive Evaluation of Fourteen Docking Programs on Protein-Peptide Complexes
  (5)  Autodock Vina adopts more accurate binding poses but Autodock4 forms better binding affinity

rpestana94

(1) Maybe you can use a tool to predict binding pockets inteed of selecting the entire protein, you can try with Castp
(2) Maybe you can redock you results to improve it
(3) There is an option to accelerated autodock with gpu, just google autodock gpu and you will find it, I never try it but maybe you can give a try
(4) If you are unsure about the results you are getting do a redock or google "BEAR workflow computational chemistry"  

rookie

puzhongji 发表于 2021-1-5 18:59
（1）Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein–ligand complexes: ...

Teacher, is this a link? . . . . I can't seem to click

cokoy

parallelization version: http://autodock.scripps.edu/down ... arallel-autodock4.2

rookie

rpestana94 发表于 2021-1-6 06:13
(1) Maybe you can use a tool to predict binding pockets inteed of selecting the entire protein, you  ...

thanks

rookie

cokoy 发表于 2021-1-6 14:52
parallelization version: http://autodock.scripps.edu/downloads/multilevel-parallel-autodock4.2

Teacher, but isn’t this file for IBM BlueGene/P and power7? Can ubuntu use it?

cokoy

rookie 发表于 2021-1-7 14:03
Teacher, but isn’t this file for IBM BlueGene/P and power7? Can ubuntu use it?

有源码，下载自己编译吧，我在red hat上编译过。
PS: 我不是老师，菜鸡博士在读。。

sobereva

有GPU加速版Autodock：https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU
而且即便纯CPU也可以并行

exity

smina挺好用的