求助：动力学报错，报错信息无法理解，且step文件如图

崔智勇

您好，蛋白配体复合物模拟的时候在mdrun的时候报错，提示的step如图，但是个人感觉和grompp环境的提示有关，其提示内容如下：
The bond in molecule-type IMP between atoms 3 O2P and 4 2HOP has an estimated oscillational period of 9.1e-03 ps, which is less than 5 times the time step of 2.0e-03 ps.
但是这里我不理解，9.1e-03 ps明明比2.0e-03 ps.要大，为什么还说小5倍呢？

另外，step文件在pymol里面已经散掉啦，但是在vmd里面是正常的（两个图都去掉水分子啦）
麻烦老师啦，祝您生活愉快

sobereva

提示说的是9.1e-03 ps小于2.0e-03 ps的5倍（10e-03）

用2fs步长的时候记得应当用constraints = hbonds

有VMD还用pymol干嘛。有一个VMD就够了

崔智勇

sobereva 发表于 2021-6-25 18:33
提示说的是9.1e-03 ps小于2.0e-03 ps的5倍（10e-03）

用2fs步长的时候记得应当用constraints = hbonds

老师您好，我看了mdp文件，确实写了constraints=bonds
具体的mdp文件如下
title                   = Protein-ligand complex MD simulation
; Run parameters
integrator              = md        ; leap-frog integrator
nsteps                  = 50000000   ; 2 * 50000000 = 100000 ps (100 ns)
dt                      = 0.002     ; 2 fs
; Output control
nstenergy               = 5000      ; save energies every 10.0 ps
nstlog                  = 5000      ; update log file every 10.0 ps
nstxout-compressed      = 5000      ; save coordinates every 10.0 ps
; Bond parameters
continuation            = yes       ; continuing from NPT
constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraints             = h-bonds   ; bonds to H are constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighbor searching and vdW
cutoff-scheme           = Verlet
ns_type                 = grid      ; search neighboring grid cells
nstlist                 = 20        ; largely irrelevant with Verlet
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = cutoff
vdw-modifier            = force-switch
rvdw-switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype             = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
rcoulomb                = 1.2
pme_order               = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling
tcoupl                  = V-rescale                     ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                 = Protein_IMP Water_and_ions    ; two coupling groups - more accurate
tau_t                   = 0.1   0.1                     ; time constant, in ps
ref_t                   = 300   300                     ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling
pcoupl                  = Parrinello-Rahman             ; pressure coupling is on for NPT
pcoupltype              = isotropic                     ; uniform scaling of box vectors
tau_p                   = 2.0                           ; time constant, in ps
ref_p                   = 1.0                           ; reference pressure, in bar
compressibility         = 4.5e-5                        ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc                     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive FF
DispCorr                = no
; Velocity generation
gen_vel                 = no        ; continuing from NPT equilibration

wmy1217

崔智勇 发表于 2021-6-26 18:49
老师您好，我看了mdp文件，确实写了constraints=bonds
具体的mdp文件如下
title                   = P ...

您好，我最近遇到了和您同样的问题，请问问题解决了吗，是怎么解决的呢

Huschein

“constraints=bonds”看仔细一点，让你写constraints=hbonds