求助：拓扑文件构建不成功

zaqxs234 · 发表于 Post on 2021-7-28 15:06:10

本人通过MS导出得到.Pdb的文件如下：之后用Gromacs生成拓扑文件（pdb2gmx –ff opls-aa/l –f b.pdb –o lws.pdb –p lws.top）出现如下警告：见附件
之后用通过在线ACPYPE网站生成，又出现
<| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 2020-11-11T22:59:34CET (c) 2021 AWSdS |
========================================================================================ERROR: Atoms TOO alone (> 3.0 Ang.)++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++['ATOM 2588 Li9 ']++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ ERROR: Use '-f' option if you want to proceed anyway. Aborting ...>
本人实在不是很明白结构出现了什么问题
刚刚学习Gromacs 可能问的问题水准不高请各位老师、同学多多批评、多多帮助，谢谢。

MOI_001 · 发表于 Post on 2024-1-26 00:25:01

请问你解决了吗？我也遇到了这个问题，只不过是在用acpype生成小分子拓扑文件时，可否分享一下你的解决方法呢？谢谢

zaqxs234 · 发表于 Post on 2024-4-14 18:21:52

MOI_001 发表于 2024-1-26 00:25
请问你解决了吗？我也遇到了这个问题，只不过是在用acpype生成小分子拓扑文件时，可否分享一下你的解决方法 ...

那会还没有sobtop，acpype这个搞出来的拓扑文件也不太好，放弃了，我现在都是用的sobtop了

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