计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10474|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 利用AmberTools里自带的Antechamber工具结合acpype.py脚本时出了问题

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

146

eV
积分
156

Level 3 能力者

想用gromac对萃取过程进行模拟,合成了bpy-ntf2离子液体,在对ntf2阴离子利用AmberTools里自带的Antechamber工具结合acpype.py脚本对于产生GAFF力场的GROMACS格式的小分子拓扑文件时遇到了问题,无法将命令跑出,希望老师能够解惑,万分感谢。

202107282022267169..png (160.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

202107282022267169..png

202107282022466612..png (57.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

202107282022466612..png

1560

帖子

0

威望

4999

eV
积分
6559

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-7-28 23:01:28 | 只看该作者 Only view this author
见如下链接
http://sobereva.com/266

如果你懒得为了用acpype而装臃肿庞大的AmberTools,可以用在线版http://bio2byte.be/acpype/,不过可能排队要排很久。所以如果你要快速处理较多小分子,还是建议用离线版acpype。
又菜又爱玩

561

帖子

0

威望

3410

eV
积分
3971

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2021-7-28 23:10:48 | 只看该作者 Only view this author
他error写的挺明白啊,-1/1不是整数。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-7-29 05:42:29 | 只看该作者 Only view this author
-n后面接着净电荷数值,写-1/1完全莫名其妙
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

146

eV
积分
156

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-29 12:20:25 | 只看该作者 Only view this author
您好,我也这样用来着,

202107291219175988..png (70.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

202107291219175988..png

10

帖子

0

威望

146

eV
积分
156

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-29 12:54:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-29 05:42
-n后面接着净电荷数值,写-1/1完全莫名其妙

老师您好,我按正确的输入,也报错了。

909

帖子

37

威望

5527

eV
积分
7176

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2021-7-29 18:02:16 | 只看该作者 Only view this author
肃旭棒棒哒 发表于 2021-7-29 12:54
老师您好,我按正确的输入,也报错了。

好像需要安装openbabel。
用ztop把 acpype没法解决缺失参数的问题。

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2021-7-30 02:09:05 | 只看该作者 Only view this author
肃旭棒棒哒 发表于 2021-7-29 12:54
老师您好,我按正确的输入,也报错了。

检查一下mol2文件,另外mol2文件都包含什么元素,有些元素可能不识别

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2021-7-30 07:01:24 | 只看该作者 Only view this author
肃旭棒棒哒 发表于 2021-7-29 12:20
您好,我也这样用来着,

acpype加上-d输出debug信息便于判断原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

146

eV
积分
156

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-30 09:36:00 | 只看该作者 Only view this author
@sobereva 老师您看

202107300935018752..png (205.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

202107300935018752..png

10

帖子

0

威望

146

eV
积分
156

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-10 15:23:03 | 只看该作者 Only view this author
谢谢大家

202108101522554034..png (93 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

202108101522554034..png

10

帖子

0

威望

146

eV
积分
156

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-10 15:37:15 | 只看该作者 Only view this author
终于把问题解决了,其实是构型画错了,应该将少一个氢的n原子连接的键改成共轭键。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 04:20 , Processed in 0.196119 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list