求助关于Coulomb (SR)的手动计算和gromacs计算结果不一致

Ymw2021 · 发表于 Post on 2021-7-29 14:14:55

为了弄清楚gromacs中Coulomb的计算，我手动计算了一个乙醇分子的Coulomb-14和Coulomb (SR)值，并将其和gromacs的计算结果对比。计算结果如下图所示。
gromacs计算中，盒子大小为4nm左右。coulombtype = cut-off，rcoulomb =2。
Coulomb-14手动计算结果和gromacs一致,但是Coulomb (SR)的计算值不一致。请问这是什么原因造成的？
Coulomb-14手动计算方法为（f=0.5, if i, j is 1,4）,Coulomb (SR)的计算方法为（f=0, if i, j is 1,2 or 1,3; f=0.5, if i, j is 1,4；otherwise f=1）

Ymw2021 · 发表于 Post on 2021-7-29 16:15:38

解决了，原来是Coulomb（SR）不包含Coulomb-14，手算时要把i,j=1,4的能量去掉。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-29 16:15:49

看不懂你的Coulomb (SR)的计算描述，也不知道算的是什么体系，没法简单判断

注意手算的时候应只考虑2nm以内的，并且注意charge group的影响

Ymw2021 · 发表于 Post on 2021-7-29 23:56:38

sobereva 发表于 2021-7-29 16:15
看不懂你的Coulomb (SR)的计算描述，也不知道算的是什么体系，没法简单判断

注意手算的时候应只考虑2nm ...

谢谢sob的回复，问题已经得到了解决。

wenshang956 · 发表于 Post on 2021-8-2 16:59:24

请问你这个Coulomb (SR)值是怎么计算的呀？没太看懂，是计算的单个乙醇分子内不同原子之间的Coulomb值吗？能不能简单说一下你在gmx中的选择方式

Ymw2021 · 发表于 Post on 2021-8-11 15:16:43

wenshang956 发表于 2021-8-2 16:59
请问你这个Coulomb (SR)值是怎么计算的呀？没太看懂，是计算的单个乙醇分子内不同原子之间的Coulomb值吗？ ...

不好意思sob老师，这两天没有登录论坛，没有及时回复您的信息。我将gmx计算的mdp文件附上，系统内只有一个乙醇分子，是计算的单个乙醇分子内不同原子之间的Coulomb值。

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