求助获得纳米粒子接枝聚合物立场文件的方法

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-19 20:43:57

请问，我想在一个纳米球上接枝聚合物链，该怎么获得相应的力场文件？（已经知道了纳米球和聚合物的力场文件，但接枝后的立场文件咋获得？主要是接枝处连接键的相关参数）(下图蓝色链接部分）谢谢大家

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-8-19 22:05:32

Maybe I'm not sure about this, you can do a calculation using gaussian where you take the fargment where the nanosphere and the polymer make the bond, because as I understand you just need the parameters of that bond because you have the rest.
By the way where you get the parameters of the nanosphere?

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-20 06:58:19

在top文件末尾加入[ intermolecular_interactions ]，可在里面照常用bonds、angles、dihedrals等字段定义成键作用项，可以由此对不同的[ moleculetype ]之间增加成键作用。注意这里原子序号用的是全局序号。

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-20 08:48:53

rpestana94 发表于 2021-8-19 22:05
Maybe I'm not sure about this, you can do a calculation using gaussian where you take the fargment w ...

谢谢您参数是参照论坛里面的一个帖子写的

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-20 08:49:52

sobereva 发表于 2021-8-20 06:58
在top文件末尾加入[ intermolecular_interactions ]，可在里面照常用bonds、angles、dihedrals等字段定义成 ...

好的谢谢老师。请问全局序号是需要把其中一个分子重新进行编号吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-21 13:32:23

ONTHEWAY 发表于 2021-8-20 08:49
好的谢谢老师。请问全局序号是需要把其中一个分子重新进行编号吗

指的是整个体系的结构文件里的原子序号

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-21 20:54:16

sobereva 发表于 2021-8-21 13:32
指的是整个体系的结构文件里的原子序号

好的谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助 获得纳米粒子接枝聚合物立场文件的方法

[GROMACS] 求助获得纳米粒子接枝聚合物立场文件的方法