Gaussian计算分子HOMO与LUMO时原子之间太近出现奇怪成键导致link died

柳柳柳

  本人新手入门，计算化合物的HOMO与LUMO时遇到优化过程中五元环上的甲基与聚乙二醇侧链上的亚甲基出现奇怪成键（本来没有关系的原子），但是用同样的方法可以正常计算得到羟基上没有修饰聚乙二醇长链分子的结果，已查找论坛内本人没有找到原子太近如何解决的方法，也未在收敛失败的解决方案中弄清楚应该怎么做（附件中附上分子结构式和失败的.out文件结果图）

%mem=1500MB
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\probe 2-modify.chk
# opt b3lyp def2svp

probe 2 b3lyp modified

1 1
C                  6.00288700   -3.52774100   -0.40195100
C                  5.94457400   -2.10408100   -0.19764300
C                  7.01189800   -1.23245600   -0.32922700
C                  4.83917500   -4.24953800   -0.32269400
C                  3.60373500   -2.23609600    0.25245000
C                  3.58161700   -3.61860900    0.00652600
C                  2.33619400   -4.27355300    0.13616300
H                  2.28617800   -5.34985700   -0.04998300
C                  1.18057200   -3.58437100    0.50098500
C                  1.24919800   -2.19076900    0.75002600
C                  2.47106600   -1.52590400    0.61610900
H                  4.85988200   -5.33355000   -0.47643700
H                  0.24048300   -4.12866300    0.57894200
H                  2.52894600   -0.45530900    0.82046900
O                  4.75620000   -1.53358500    0.14806800
C                  6.75832200    0.15790400   -0.08055400
H                  5.72313400    0.39679100    0.19031100
C                  7.64154300    1.20828500   -0.13887900
H                  8.70544300    1.07467700   -0.34071600
C                  7.24907600    2.56943400    0.17073400
C                  5.78390000    2.92233000    0.11395900
C                  4.86466800    2.32065000   -0.76090300
C                  5.35669800    4.01540100    0.88238500
C                  3.57003900    2.80656600   -0.83652300
H                  5.17441500    1.50296000   -1.42111300
C                  4.05094300    4.45315800    0.77553400
H                  6.07364900    4.53672700    1.52317000
H                  2.82134000    2.38148700   -1.50755000
H                  3.67606300    5.30996500    1.33972200
O                  8.00051200    3.49741100    0.43792700
O                  0.25558100   -1.35778500    1.13324400
C                  1.80683100    4.45871600   -0.25386200
H                  1.71180500    5.20187900    0.55221300
H                  1.84955300    5.00815400   -1.20735900
N                  3.17598900    3.85889000   -0.07717000
C                  0.60330700    3.53021000   -0.25795300
C                 -0.30040000    3.58814800   -1.32432800
C                  0.30760400    2.68872500    0.83325500
C                 -1.49780200    2.86525500   -1.28464700
H                 -0.09228200    4.24208100   -2.17818200
C                 -0.89039000    1.96850000    0.86583200
H                  0.99358600    2.63455300    1.68576900
H                 -2.20515100    2.97329400   -2.11225400
H                 -1.12058300    1.36459000    1.74910800
C                  8.35791600   -1.72513800   -0.80265900
H                  9.14052700   -1.29811500   -0.15034400
H                  8.53742200   -1.27579600   -1.79787400
C                  8.56492600   -3.26168900   -0.88816300
H                  9.35191300   -3.54638300   -0.17294600
H                  8.97654200   -3.48933900   -1.88386300
C                  7.34405100   -4.18695400   -0.62854700
H                  7.54713700   -4.80405800    0.26496200
H                  7.23504600   -4.90251000   -1.46124400
C                 -1.00808200   -1.79611900    1.63269600
H                 -0.87478100   -2.66668200    2.29578700
H                 -1.32130000   -0.94501400    2.24464700
C                 -2.08271100   -2.02508300    0.55993600
H                 -1.72274900   -1.60335500   -0.40291500
H                 -2.26954400   -3.10934200    0.39442200
O                 -3.26289200   -1.39562800    0.98578100
C                 -4.38118200   -1.67948900    0.16962900
H                 -4.20604600   -1.33462100   -0.87132800
H                 -4.56783100   -2.77343600    0.12700600
C                 -5.62433314   -0.97451481    0.74337688
H                 -5.63312249    0.04732787    0.42610682
H                 -5.59633521   -1.01588953    1.81221000
O                 -6.80435857   -1.63024123    0.27171719
C                 -7.95082269   -1.07622688    0.92255366
H                 -8.01206217   -0.02982943    0.70760691
H                 -7.86456416   -1.21877627    1.97950169
C                 -9.22148456   -1.78046174    0.41160193
H                 -9.17156226   -2.82262951    0.64886570
H                -10.08129215   -1.34883527    0.87992822
O                 -9.31901432   -1.61843674   -1.00583796
C                -10.66992313   -1.83907234   -1.41968008
H                -11.29890378   -1.08001450   -1.00360971
H                -10.72619640   -1.80310854   -2.48759390
H                -10.99548868   -2.79918491   -1.07749458
C                 -1.83053000    2.06329800   -0.18302300
C                 -5.42812928    2.11686106    0.00105753
C                 -5.16385324    1.75047474   -1.45232971
B                 -3.13283478    1.24178017   -0.15636364
C                 -5.29994851    2.99288192   -2.35205327
H                 -4.79954048    2.81685356   -3.28130341
H                 -6.33573807    3.18820427   -2.53614340
H                 -4.85912662    3.83681856   -1.86384531
C                 -6.19601072    0.71919949   -1.94499824
H                 -5.77782483   -0.26348284   -1.87899829
H                 -7.07421004    0.77472218   -1.33624281
H                 -6.45314537    0.92982405   -2.96206219
C                 -5.86834565    3.58801096    0.11736545
H                 -6.75711293    3.74094723   -0.45848455
H                 -6.06330180    3.82193682    1.14311921
H                 -5.09048667    4.22331100   -0.25172704
C                 -6.57105719    1.25598946    0.57045710
H                 -6.75882810    0.43264421   -0.08661571
H                 -6.29249037    0.88614792    1.53509059
H                 -7.45596506    1.85103848    0.65851804
O                 -4.14550183    1.87824241    0.78463213
O                 -3.75493810    1.18206520   -1.54429987
之前用#p跑Gaussian最后几行结果如下：
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2269.40169361     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.7123D-05             -V/T =  2.0079
KE= 2.251596626988D+03 PE=-1.851031231195D+04 EE= 7.350827151974D+03
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in E:\Gaussion\G09W\l502.exe at Fri Sep 03 00:47:28 2021.
Job cpu time:  1 days 11 hours 52 minutes 35.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    575 Int=      0 D2E=      0 Chk=     60 Scr=      1

zjxitcc

帖子内容建议：
（1）应该给出“PEG侧链”的描述，不可能所有人都跟你一个研究方向，懂你常用的缩写；就算不给全称，也应该在图中圈出所谓的“PEG侧链”是哪些原子；
（2）“失败的.out输出文件”->应该给出报错信息，如果不知如何描述，可直接截图贴出 输出文件末尾几十行（不要把上万行的输出文件粘贴到帖子里）；
（3）“出现奇怪成键”是指两原子距离合理、但显示成键了？还是两原子距离都不合理？应当说清楚，而且最好指明是哪两个原子。

一些输入文件的建议：
（1）%chk里有空格，最好不要养成这种习惯，可以用下划线或-替代；
（2）最好写#p而非仅#，报错时可能输出内容会更多；
（3）你没加关键词freq，这样不知道优化成功后有没虚频。

sobereva

记住Gaussian怎么拼

当前体系明显应当带D3，仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

计算之前先手动把结构里明显硬伤去除，明显看着有不合理的接触显然应当旋转某些二面角让不合理接触避开
仔细看下文，专门说了这种问题
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

xuhj199508

(1)对于你这种结构，建议首先做一下构象搜索得到合理初猜后再进行进一步计算，看是否还报错。
(2)Gaussian常见报错的解决方法见：http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
    SCF不收敛的解决方法见：http://sobereva.com/61
(3)%mem可适当调大一些。

柳柳柳

好的，我先认真学习连接中的内容，非常感谢各位

libifei

你好  请问解决了吗？

ionexchangeC

懒得调结构的话，可以先用PM6D3之类的半经验方法预优化一下